src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  28 import jalview.datamodel.Mapping;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.util.DBRefUtils;
  33 import jalview.util.DnaUtils;
  34 import jalview.util.MapList;
  35 import jalview.util.MappingUtils;
  36 import jalview.util.StringUtils;
  37
  38 import java.text.ParseException;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43 import java.util.Map.Entry;
  44 import java.util.Vector;
  45 import java.util.regex.Pattern;
  46
  47 /**
  48  * Data model for one entry returned from an EMBL query, as marshalled by a
  49  * Castor binding file
  50  *
  51  * For example:
  52  * http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=ena_sequence&id=J03321
  53  * &format=emblxml
  54  *
  55  * @see embl_mapping.xml
  56  */
  57 public class EmblEntry
  58 {
  59   private static final Pattern SPACE_PATTERN = Pattern.compile(" ");
  60
  61   String accession;
  62
  63   String entryVersion;
  64
  65   String sequenceVersion;
  66
  67   String dataClass;
  68
  69   String moleculeType;
  70
  71   String topology;
  72
  73   String sequenceLength;
  74
  75   String taxonomicDivision;
  76
  77   String description;
  78
  79   String firstPublicDate;
  80
  81   String firstPublicRelease;
  82
  83   String lastUpdatedDate;
  84
  85   String lastUpdatedRelease;
  86
  87   Vector<String> keywords;
  88
  89   Vector<DBRefEntry> dbRefs;
  90
  91   Vector<EmblFeature> features;
  92
  93   EmblSequence sequence;
  94
  95   /**
  96    * @return the accession
  97    */
  98   public String getAccession()
  99   {
 100     return accession;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * @param accession
 105    *          the accession to set
 106    */
 107   public void setAccession(String accession)
 108   {
 109     this.accession = accession;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * @return the dbRefs
 114    */
 115   public Vector<DBRefEntry> getDbRefs()
 116   {
 117     return dbRefs;
 118   }
 119
 120   /**
 121    * @param dbRefs
 122    *          the dbRefs to set
 123    */
 124   public void setDbRefs(Vector<DBRefEntry> dbRefs)
 125   {
 126     this.dbRefs = dbRefs;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * @return the features
 131    */
 132   public Vector<EmblFeature> getFeatures()
 133   {
 134     return features;
 135   }
 136
 137   /**
 138    * @param features
 139    *          the features to set
 140    */
 141   public void setFeatures(Vector<EmblFeature> features)
 142   {
 143     this.features = features;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * @return the keywords
 148    */
 149   public Vector<String> getKeywords()
 150   {
 151     return keywords;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * @param keywords
 156    *          the keywords to set
 157    */
 158   public void setKeywords(Vector<String> keywords)
 159   {
 160     this.keywords = keywords;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * @return the sequence
 165    */
 166   public EmblSequence getSequence()
 167   {
 168     return sequence;
 169   }
 170
 171   /**
 172    * @param sequence
 173    *          the sequence to set
 174    */
 175   public void setSequence(EmblSequence sequence)
 176   {
 177     this.sequence = sequence;
 178   }
 179
 180   /**
 181    * Recover annotated sequences from EMBL file
 182    *
 183    * @param sourceDb
 184    * @param peptides
 185    *          a list of protein products found so far (to add to)
 186    * @return dna dataset sequence with DBRefs and features
 187    */
 188   public SequenceI getSequence(String sourceDb, List<SequenceI> peptides)
 189   {
 190     SequenceI dna = new Sequence(sourceDb + "|" + accession,
 191             sequence.getSequence());
 192     dna.setDescription(description);
 193     DBRefEntry retrievedref = new DBRefEntry(sourceDb,
 194             getSequenceVersion(), accession);
 195     dna.addDBRef(retrievedref);
 196     // add map to indicate the sequence is a valid coordinate frame for the
 197     // dbref
 198     retrievedref.setMap(new Mapping(null, new int[] { 1, dna.getLength() },
 199             new int[] { 1, dna.getLength() }, 1, 1));
 200
 201
 202     /*
 203      * transform EMBL Database refs to canonical form
 204      */
 205     if (dbRefs != null)
 206     {
 207       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 208       {
 209         dbref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(dbref.getSource()));
 210         dna.addDBRef(dbref);
 211       }
 212     }
 213
 214     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
 215     try
 216     {
 217       for (EmblFeature feature : features)
 218       {
 219         if (FeatureProperties.isCodingFeature(sourceDb, feature.getName()))
 220         {
 221           parseCodingFeature(feature, sourceDb, dna, peptides, matcher);
 222         }
 223       }
 224     } catch (Exception e)
 225     {
 226       System.err.println("EMBL Record Features parsing error!");
 227       System.err
 228               .println("Please report the following to help@jalview.org :");
 229       System.err.println("EMBL Record " + accession);
 230       System.err.println("Resulted in exception: " + e.getMessage());
 231       e.printStackTrace(System.err);
 232     }
 233
 234     return dna;
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Extracts coding region and product from a CDS feature and properly decorate
 239    * it with annotations.
 240    *
 241    * @param feature
 242    *          coding feature
 243    * @param sourceDb
 244    *          source database for the EMBLXML
 245    * @param dna
 246    *          parent dna sequence for this record
 247    * @param peptides
 248    *          list of protein product sequences for Embl entry
 249    * @param matcher
 250    *          helper to match xrefs in already retrieved sequences
 251    */
 252   void parseCodingFeature(EmblFeature feature, String sourceDb,
 253           SequenceI dna, List<SequenceI> peptides, SequenceIdMatcher matcher)
 254   {
 255     boolean isEmblCdna = sourceDb.equals(DBRefSource.EMBLCDS);
 256
 257     int[] exon = getCdsRanges(feature);
 258
 259     String prseq = null;
 260     String prname = "";
 261     String prid = null;
 262     Map<String, String> vals = new Hashtable<String, String>();
 263
 264     /*
 265      * codon_start 1/2/3 in EMBL corresponds to phase 0/1/2 in CDS
 266      * (phase is required for CDS features in GFF3 format)
 267      */
 268     int codonStart = 1;
 269
 270     /*
 271      * parse qualifiers, saving protein translation, protein id,
 272      * codon start position, product (name), and 'other values'
 273      */
 274     if (feature.getQualifiers() != null)
 275     {
 276       for (Qualifier q : feature.getQualifiers())
 277       {
 278         String qname = q.getName();
 279         if (qname.equals("translation"))
 280         {
 281           // remove all spaces (precompiled String.replaceAll(" ", ""))
 282           prseq = SPACE_PATTERN.matcher(q.getValues()[0]).replaceAll("");
 283         }
 284         else if (qname.equals("protein_id"))
 285         {
 286           prid = q.getValues()[0].trim();
 287         }
 288         else if (qname.equals("codon_start"))
 289         {
 290           try
 291           {
 292             codonStart = Integer.parseInt(q.getValues()[0].trim());
 293           } catch (NumberFormatException e)
 294           {
 295             System.err.println("Invalid codon_start in XML for "
 296                     + accession + ": " + e.getMessage());
 297           }
 298         }
 299         else if (qname.equals("product"))
 300         {
 301           // sometimes name is returned e.g. for V00488
 302           prname = q.getValues()[0].trim();
 303         }
 304         else
 305         {
 306           // throw anything else into the additional properties hash
 307           String[] qvals = q.getValues();
 308           if (qvals != null)
 309           {
 310             String commaSeparated = StringUtils.arrayToSeparatorList(qvals,
 311                     ",");
 312             vals.put(qname, commaSeparated);
 313           }
 314         }
 315       }
 316     }
 317
 318     DBRefEntry protEMBLCDS = null;
 319     exon = MappingUtils.removeStartPositions(codonStart - 1, exon);
 320     boolean noProteinDbref = true;
 321
 322     SequenceI product = null;
 323     Mapping map = null;
 324     if (prseq != null && prname != null && prid != null)
 325     {
 326       /*
 327        * look for product in peptides list, if not found, add it
 328        */
 329       product = matcher.findIdMatch(prid);
 330       if (product == null)
 331       {
 332         product = new Sequence(prid, prseq, 1, prseq.length());
 333         product.setDescription(((prname.length() == 0) ? "Protein Product from "
 334                 + sourceDb
 335                 : prname));
 336         peptides.add(product);
 337         matcher.add(product);
 338       }
 339
 340       // we have everything - create the mapping and perhaps the protein
 341       // sequence
 342       if (exon == null || exon.length == 0)
 343       {
 344         System.err
 345                 .println("Implementation Notice: EMBLCDS records not properly supported yet - Making up the CDNA region of this sequence... may be incorrect ("
 346                         + sourceDb + ":" + getAccession() + ")");
 347         if (prseq.length() * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 348         {
 349           System.err
 350                   .println("Not allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... !");
 351           // this might occur for CDS sequences where no features are
 352           // marked.
 353           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 354               dna.getEnd() };
 355           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 356                   3, 1);
 357         }
 358         if ((prseq.length() + 1) * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 359         {
 360           System.err
 361                   .println("Allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... will probably cause an error in VAMSAs!");
 362           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 363               dna.getEnd() - 3 };
 364           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 365                   3, 1);
 366         }
 367       }
 368       else
 369       {
 370         // Trim the exon mapping if necessary - the given product may only be a
 371         // fragment of a larger protein. (EMBL:AY043181 is an example)
 372
 373         if (isEmblCdna)
 374         {
 375           // TODO: Add a DbRef back to the parent EMBL sequence with the exon
 376           // map
 377           // if given a dataset reference, search dataset for parent EMBL
 378           // sequence if it exists and set its map
 379           // make a new feature annotating the coding contig
 380         }
 381         else
 382         {
 383           // final product length truncation check
 384           // TODO should from range include stop codon even if not in protein
 385           // in order to include stop codon in CDS sequence (as done for
 386           // Ensembl)?
 387           int[] cdsRanges = adjustForProteinLength(prseq.length(), exon);
 388           map = new Mapping(product, cdsRanges, new int[] { 1,
 389               prseq.length() }, 3, 1);
 390           // reconstruct the EMBLCDS entry
 391           // TODO: this is only necessary when there codon annotation is
 392           // complete (I think JBPNote)
 393           DBRefEntry pcdnaref = new DBRefEntry();
 394           pcdnaref.setAccessionId(prid);
 395           pcdnaref.setSource(DBRefSource.EMBLCDS);
 396           pcdnaref.setVersion(getSequenceVersion()); // same as parent EMBL
 397                                                      // version.
 398           MapList mp = new MapList(new int[] { 1, prseq.length() },
 399                   new int[] { 1 + (codonStart - 1),
 400                       (codonStart - 1) + 3 * prseq.length() }, 1, 3);
 401           pcdnaref.setMap(new Mapping(mp));
 402           if (product != null)
 403           {
 404             product.addDBRef(pcdnaref);
 405             protEMBLCDS = new DBRefEntry(pcdnaref);
 406             protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 407             product.addDBRef(protEMBLCDS);
 408           }
 409         }
 410       }
 411       // add cds feature to dna seq - this may include the stop codon
 412       for (int xint = 0; exon != null && xint < exon.length; xint += 2)
 413       {
 414         SequenceFeature sf = makeCdsFeature(exon, xint, prname, prid, vals,
 415                 codonStart);
 416         sf.setType(feature.getName()); // "CDS"
 417         sf.setEnaLocation(feature.getLocation());
 418         sf.setFeatureGroup(sourceDb);
 419         dna.addSequenceFeature(sf);
 420       }
 421     }
 422
 423     /*
 424      * add dbRefs to sequence, and mappings for Uniprot xrefs
 425      */
 426     if (feature.dbRefs != null)
 427     {
 428       boolean mappingUsed = false;
 429       for (DBRefEntry ref : feature.dbRefs)
 430       {
 431         /*
 432          * ensure UniProtKB/Swiss-Prot converted to UNIPROT
 433          */
 434         ref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(ref.getSource()));
 435         if (ref.getSource().equals(DBRefSource.UNIPROT))
 436         {
 437           String proteinSeqName = DBRefSource.UNIPROT + "|"
 438                   + ref.getAccessionId();
 439           if (map != null && map.getTo() != null)
 440           {
 441             if (mappingUsed)
 442             {
 443               /*
 444                * two or more Uniprot xrefs for the same CDS -
 445                * each needs a distinct Mapping (as to a different sequence)
 446                */
 447               map = new Mapping(map);
 448             }
 449             mappingUsed = true;
 450
 451             /*
 452              * try to locate the protein mapped to (possibly by a
 453              * previous CDS feature)
 454              */
 455             SequenceI proteinSeq = matcher.findIdMatch(proteinSeqName);
 456             if (proteinSeq == null)
 457             {
 458               proteinSeq = new Sequence(proteinSeqName,
 459                       product.getSequenceAsString());
 460               matcher.add(proteinSeq);
 461               peptides.add(proteinSeq);
 462             }
 463             map.setTo(proteinSeq);
 464             map.getTo().addDBRef(
 465                     new DBRefEntry(ref.getSource(), ref.getVersion(), ref
 466                             .getAccessionId()));
 467             ref.setMap(map);
 468           }
 469           noProteinDbref = false;
 470         }
 471         if (product != null)
 472         {
 473           DBRefEntry pref = new DBRefEntry(ref.getSource(),
 474                   ref.getVersion(), ref.getAccessionId());
 475           pref.setMap(null); // reference is direct
 476           product.addDBRef(pref);
 477           // Add converse mapping reference
 478           if (map != null)
 479           {
 480             Mapping pmap = new Mapping(dna, map.getMap().getInverse());
 481             pref = new DBRefEntry(sourceDb, getSequenceVersion(),
 482                     this.getAccession());
 483             pref.setMap(pmap);
 484             if (map.getTo() != null)
 485             {
 486               map.getTo().addDBRef(pref);
 487             }
 488           }
 489         }
 490         dna.addDBRef(ref);
 491       }
 492       if (noProteinDbref && product != null)
 493       {
 494         // add protein coding reference to dna sequence so xref matches
 495         if (protEMBLCDS == null)
 496         {
 497           protEMBLCDS = new DBRefEntry();
 498           protEMBLCDS.setAccessionId(prid);
 499           protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 500           protEMBLCDS.setVersion(getSequenceVersion());
 501           protEMBLCDS
 502                   .setMap(new Mapping(product, map.getMap().getInverse()));
 503         }
 504         product.addDBRef(protEMBLCDS);
 505
 506         // Add converse mapping reference
 507         if (map != null)
 508         {
 509           Mapping pmap = new Mapping(product, protEMBLCDS.getMap().getMap()
 510                   .getInverse());
 511           DBRefEntry ncMap = new DBRefEntry(protEMBLCDS);
 512           ncMap.setMap(pmap);
 513           if (map.getTo() != null)
 514           {
 515             dna.addDBRef(ncMap);
 516           }
 517         }
 518       }
 519     }
 520   }
 521
 522   /**
 523    * Helper method to construct a SequenceFeature for one cds range
 524    *
 525    * @param exons
 526    *          array of cds [start, end, ...] positions
 527    * @param exonStartIndex
 528    *          offset into the exons array
 529    * @param proteinName
 530    * @param proteinAccessionId
 531    * @param vals
 532    *          map of 'miscellaneous values' for feature
 533    * @param codonStart
 534    *          codon start position for CDS (1/2/3, normally 1)
 535    * @return
 536    */
 537   protected SequenceFeature makeCdsFeature(int[] exons, int exonStartIndex,
 538           String proteinName, String proteinAccessionId,
 539           Map<String, String> vals, int codonStart)
 540   {
 541     int exonNumber = exonStartIndex / 2 + 1;
 542     SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 543     sf.setBegin(Math.min(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 544     sf.setEnd(Math.max(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 545     sf.setDescription(String.format("Exon %d for protein '%s' EMBLCDS:%s",
 546             exonNumber, proteinName, proteinAccessionId));
 547     sf.setPhase(String.valueOf(codonStart - 1));
 548     sf.setStrand(exons[exonStartIndex] <= exons[exonStartIndex + 1] ? "+"
 549             : "-");
 550     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPOS, exonNumber);
 551     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPRODUCT, proteinName);
 552     if (!vals.isEmpty())
 553     {
 554       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 555       boolean first = true;
 556       for (Entry<String, String> val : vals.entrySet())
 557       {
 558         if (!first)
 559         {
 560           sb.append(";");
 561         }
 562         sb.append(val.getKey()).append("=").append(val.getValue());
 563         first = false;
 564         sf.setValue(val.getKey(), val.getValue());
 565       }
 566       sf.setAttributes(sb.toString());
 567     }
 568     return sf;
 569   }
 570
 571   /**
 572    * Returns the CDS positions as a single array of [start, end, start, end...]
 573    * positions. If on the reverse strand, these will be in descending order.
 574    *
 575    * @param feature
 576    * @return
 577    */
 578   protected int[] getCdsRanges(EmblFeature feature)
 579   {
 580     if (feature.location == null)
 581     {
 582       return new int[] {};
 583     }
 584
 585     try
 586     {
 587       List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation(feature.location);
 588       return listToArray(ranges);
 589     } catch (ParseException e)
 590     {
 591       Cache.log.warn(String.format(
 592               "Not parsing inexact CDS location %s in ENA %s",
 593               feature.location, this.accession));
 594       return new int[] {};
 595     }
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Converts a list of [start, end] ranges to a single array of [start, end,
 600    * start, end ...]
 601    *
 602    * @param ranges
 603    * @return
 604    */
 605   int[] listToArray(List<int[]> ranges)
 606   {
 607     int[] result = new int[ranges.size() * 2];
 608     int i = 0;
 609     for (int[] range : ranges)
 610     {
 611       result[i++] = range[0];
 612       result[i++] = range[1];
 613     }
 614     return result;
 615   }
 616
 617   /**
 618    * truncate the last exon interval to the prlength'th codon
 619    *
 620    * @param prlength
 621    * @param exon
 622    * @return new exon
 623    */
 624   static int[] adjustForProteinLength(int prlength, int[] exon)
 625   {
 626     if (prlength <= 0 || exon == null)
 627     {
 628       return exon;
 629     }
 630     int desiredCdsLength = prlength * 3;
 631     int exonLength = MappingUtils.getLength(Arrays.asList(exon));
 632
 633     /*
 634      * assuming here exon might include stop codon in addition to protein codons
 635      */
 636     if (desiredCdsLength == exonLength
 637             || desiredCdsLength == exonLength - 3)
 638     {
 639       return exon;
 640     }
 641
 642     int origxon[];
 643     int sxpos = -1;
 644     int endxon = 0;
 645     origxon = new int[exon.length];
 646     System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 647     int cdspos = 0;
 648     for (int x = 0; x < exon.length; x += 2)
 649     {
 650       cdspos += Math.abs(exon[x + 1] - exon[x]) + 1;
 651       if (desiredCdsLength <= cdspos)
 652       {
 653         // advanced beyond last codon.
 654         sxpos = x;
 655         if (desiredCdsLength != cdspos)
 656         {
 657           // System.err
 658           // .println("Truncating final exon interval on region by "
 659           // + (cdspos - cdslength));
 660         }
 661
 662         /*
 663          * shrink the final exon - reduce end position if forward
 664          * strand, increase it if reverse
 665          */
 666         if (exon[x + 1] >= exon[x])
 667         {
 668           endxon = exon[x + 1] - cdspos + desiredCdsLength;
 669         }
 670         else
 671         {
 672           endxon = exon[x + 1] + cdspos - desiredCdsLength;
 673         }
 674         break;
 675       }
 676     }
 677
 678     if (sxpos != -1)
 679     {
 680       // and trim the exon interval set if necessary
 681       int[] nxon = new int[sxpos + 2];
 682       System.arraycopy(exon, 0, nxon, 0, sxpos + 2);
 683       nxon[sxpos + 1] = endxon; // update the end boundary for the new exon
 684                                 // set
 685       exon = nxon;
 686     }
 687     return exon;
 688   }
 689
 690   public String getSequenceVersion()
 691   {
 692     return sequenceVersion;
 693   }
 694
 695   public void setSequenceVersion(String sequenceVersion)
 696   {
 697     this.sequenceVersion = sequenceVersion;
 698   }
 699
 700   public String getSequenceLength()
 701   {
 702     return sequenceLength;
 703   }
 704
 705   public void setSequenceLength(String sequenceLength)
 706   {
 707     this.sequenceLength = sequenceLength;
 708   }
 709
 710   public String getEntryVersion()
 711   {
 712     return entryVersion;
 713   }
 714
 715   public void setEntryVersion(String entryVersion)
 716   {
 717     this.entryVersion = entryVersion;
 718   }
 719
 720   public String getMoleculeType()
 721   {
 722     return moleculeType;
 723   }
 724
 725   public void setMoleculeType(String moleculeType)
 726   {
 727     this.moleculeType = moleculeType;
 728   }
 729
 730   public String getTopology()
 731   {
 732     return topology;
 733   }
 734
 735   public void setTopology(String topology)
 736   {
 737     this.topology = topology;
 738   }
 739
 740   public String getTaxonomicDivision()
 741   {
 742     return taxonomicDivision;
 743   }
 744
 745   public void setTaxonomicDivision(String taxonomicDivision)
 746   {
 747     this.taxonomicDivision = taxonomicDivision;
 748   }
 749
 750   public String getDescription()
 751   {
 752     return description;
 753   }
 754
 755   public void setDescription(String description)
 756   {
 757     this.description = description;
 758   }
 759
 760   public String getFirstPublicDate()
 761   {
 762     return firstPublicDate;
 763   }
 764
 765   public void setFirstPublicDate(String firstPublicDate)
 766   {
 767     this.firstPublicDate = firstPublicDate;
 768   }
 769
 770   public String getFirstPublicRelease()
 771   {
 772     return firstPublicRelease;
 773   }
 774
 775   public void setFirstPublicRelease(String firstPublicRelease)
 776   {
 777     this.firstPublicRelease = firstPublicRelease;
 778   }
 779
 780   public String getLastUpdatedDate()
 781   {
 782     return lastUpdatedDate;
 783   }
 784
 785   public void setLastUpdatedDate(String lastUpdatedDate)
 786   {
 787     this.lastUpdatedDate = lastUpdatedDate;
 788   }
 789
 790   public String getLastUpdatedRelease()
 791   {
 792     return lastUpdatedRelease;
 793   }
 794
 795   public void setLastUpdatedRelease(String lastUpdatedRelease)
 796   {
 797     this.lastUpdatedRelease = lastUpdatedRelease;
 798   }
 799
 800   public String getDataClass()
 801   {
 802     return dataClass;
 803   }
 804
 805   public void setDataClass(String dataClass)
 806   {
 807     this.dataClass = dataClass;
 808   }
 809 }