src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  24 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  26 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  27 import jalview.datamodel.Mapping;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.util.DBRefUtils;
  32 import jalview.util.DnaUtils;
  33 import jalview.util.MapList;
  34 import jalview.util.MappingUtils;
  35 import jalview.util.StringUtils;
  36
  37 import java.util.Arrays;
  38 import java.util.Hashtable;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.Map.Entry;
  42 import java.util.Vector;
  43 import java.util.regex.Pattern;
  44
  45 /**
  46  * Data model for one entry returned from an EMBL query, as marshalled by a
  47  * Castor binding file
  48  *
  49  * For example:
  50  * http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=ena_sequence&id=J03321
  51  * &format=emblxml
  52  *
  53  * @see embl_mapping.xml
  54  */
  55 public class EmblEntry
  56 {
  57   private static final Pattern SPACE_PATTERN = Pattern.compile(" ");
  58
  59   String accession;
  60
  61   String entryVersion;
  62
  63   String sequenceVersion;
  64
  65   String dataClass;
  66
  67   String moleculeType;
  68
  69   String topology;
  70
  71   String sequenceLength;
  72
  73   String taxonomicDivision;
  74
  75   String description;
  76
  77   String firstPublicDate;
  78
  79   String firstPublicRelease;
  80
  81   String lastUpdatedDate;
  82
  83   String lastUpdatedRelease;
  84
  85   Vector<String> keywords;
  86
  87   Vector<DBRefEntry> dbRefs;
  88
  89   Vector<EmblFeature> features;
  90
  91   EmblSequence sequence;
  92
  93   /**
  94    * @return the accession
  95    */
  96   public String getAccession()
  97   {
  98     return accession;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * @param accession
 103    *          the accession to set
 104    */
 105   public void setAccession(String accession)
 106   {
 107     this.accession = accession;
 108   }
 109
 110   /**
 111    * @return the dbRefs
 112    */
 113   public Vector<DBRefEntry> getDbRefs()
 114   {
 115     return dbRefs;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * @param dbRefs
 120    *          the dbRefs to set
 121    */
 122   public void setDbRefs(Vector<DBRefEntry> dbRefs)
 123   {
 124     this.dbRefs = dbRefs;
 125   }
 126
 127   /**
 128    * @return the features
 129    */
 130   public Vector<EmblFeature> getFeatures()
 131   {
 132     return features;
 133   }
 134
 135   /**
 136    * @param features
 137    *          the features to set
 138    */
 139   public void setFeatures(Vector<EmblFeature> features)
 140   {
 141     this.features = features;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * @return the keywords
 146    */
 147   public Vector<String> getKeywords()
 148   {
 149     return keywords;
 150   }
 151
 152   /**
 153    * @param keywords
 154    *          the keywords to set
 155    */
 156   public void setKeywords(Vector<String> keywords)
 157   {
 158     this.keywords = keywords;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * @return the sequence
 163    */
 164   public EmblSequence getSequence()
 165   {
 166     return sequence;
 167   }
 168
 169   /**
 170    * @param sequence
 171    *          the sequence to set
 172    */
 173   public void setSequence(EmblSequence sequence)
 174   {
 175     this.sequence = sequence;
 176   }
 177
 178   /**
 179    * Recover annotated sequences from EMBL file
 180    *
 181    * @param sourceDb
 182    * @param peptides
 183    *          a list of protein products found so far (to add to)
 184    * @return dna dataset sequence with DBRefs and features
 185    */
 186   public SequenceI getSequence(String sourceDb, List<SequenceI> peptides)
 187   {
 188     SequenceI dna = new Sequence(sourceDb + "|" + accession,
 189             sequence.getSequence());
 190     dna.setDescription(description);
 191     DBRefEntry retrievedref = new DBRefEntry(sourceDb,
 192             getSequenceVersion(), accession);
 193     dna.addDBRef(retrievedref);
 194     // add map to indicate the sequence is a valid coordinate frame for the
 195     // dbref
 196     retrievedref.setMap(new Mapping(null, new int[] { 1, dna.getLength() },
 197             new int[] { 1, dna.getLength() }, 1, 1));
 198     // TODO: transform EMBL Database refs to canonical form
 199     if (dbRefs != null)
 200     {
 201       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 202       {
 203         dna.addDBRef(dbref);
 204       }
 205     }
 206
 207     try
 208     {
 209       for (EmblFeature feature : features)
 210       {
 211         if (feature.dbRefs != null)
 212         {
 213           for (DBRefEntry dbref : feature.dbRefs)
 214           {
 215             dna.addDBRef(dbref);
 216           }
 217         }
 218         if (FeatureProperties.isCodingFeature(sourceDb, feature.getName()))
 219         {
 220           parseCodingFeature(feature, sourceDb, dna, peptides);
 221         }
 222       }
 223     } catch (Exception e)
 224     {
 225       System.err.println("EMBL Record Features parsing error!");
 226       System.err
 227               .println("Please report the following to help@jalview.org :");
 228       System.err.println("EMBL Record " + accession);
 229       System.err.println("Resulted in exception: " + e.getMessage());
 230       e.printStackTrace(System.err);
 231     }
 232
 233     return dna;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Extracts coding region and product from a CDS feature and properly decorate
 238    * it with annotations.
 239    *
 240    * @param feature
 241    *          coding feature
 242    * @param sourceDb
 243    *          source database for the EMBLXML
 244    * @param dna
 245    *          parent dna sequence for this record
 246    * @param peptides
 247    *          list of protein product sequences for Embl entry
 248    */
 249   void parseCodingFeature(EmblFeature feature, String sourceDb,
 250           SequenceI dna, List<SequenceI> peptides)
 251   {
 252     boolean isEmblCdna = sourceDb.equals(DBRefSource.EMBLCDS);
 253
 254     int[] exon = getCdsRanges(feature);
 255
 256     String prseq = null;
 257     String prname = "";
 258     String prid = null;
 259     Map<String, String> vals = new Hashtable<String, String>();
 260     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
 261
 262     /*
 263      * codon_start 1/2/3 in EMBL corresponds to phase 0/1/2 in CDS
 264      * (phase is required for CDS features in GFF3 format)
 265      */
 266     int codonStart = 1;
 267
 268     /*
 269      * parse qualifiers, saving protein translation, protein id,
 270      * codon start position, product (name), and 'other values'
 271      */
 272     if (feature.getQualifiers() != null)
 273     {
 274       for (Qualifier q : feature.getQualifiers())
 275       {
 276         String qname = q.getName();
 277         if (qname.equals("translation"))
 278         {
 279           // remove all spaces (precompiled String.replaceAll(" ", ""))
 280           prseq = SPACE_PATTERN.matcher(q.getValues()[0]).replaceAll("");
 281         }
 282         else if (qname.equals("protein_id"))
 283         {
 284           prid = q.getValues()[0];
 285         }
 286         else if (qname.equals("codon_start"))
 287         {
 288           try
 289           {
 290             codonStart = Integer.parseInt(q.getValues()[0]);
 291           } catch (NumberFormatException e)
 292           {
 293             System.err.println("Invalid codon_start in XML for "
 294                     + accession + ": " + e.getMessage());
 295           }
 296         }
 297         else if (qname.equals("product"))
 298         {
 299           // sometimes name is returned e.g. for V00488
 300           prname = q.getValues()[0];
 301         }
 302         else
 303         {
 304           // throw anything else into the additional properties hash
 305           String[] qvals = q.getValues();
 306           if (qvals != null)
 307           {
 308             String commaSeparated = StringUtils.arrayToSeparatorList(qvals,
 309                     ",");
 310             vals.put(qname, commaSeparated);
 311           }
 312         }
 313       }
 314     }
 315
 316     DBRefEntry protEMBLCDS = null;
 317     exon = MappingUtils.removeStartPositions(codonStart - 1, exon);
 318     boolean noProteinDbref = true;
 319
 320     SequenceI product = null;
 321     Mapping map = null;
 322     if (prseq != null && prname != null && prid != null)
 323     {
 324       /*
 325        * look for product in peptides list, if not found, add it
 326        */
 327       product = matcher.findIdMatch(prid);
 328       if (product == null)
 329       {
 330         product = new Sequence(prid, prseq, 1, prseq.length());
 331         product.setDescription(((prname.length() == 0) ? "Protein Product from "
 332                 + sourceDb
 333                 : prname));
 334         peptides.add(product);
 335         matcher.add(product);
 336       }
 337
 338       // we have everything - create the mapping and perhaps the protein
 339       // sequence
 340       if (exon == null || exon.length == 0)
 341       {
 342         System.err
 343                 .println("Implementation Notice: EMBLCDS records not properly supported yet - Making up the CDNA region of this sequence... may be incorrect ("
 344                         + sourceDb + ":" + getAccession() + ")");
 345         if (prseq.length() * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 346         {
 347           System.err
 348                   .println("Not allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... !");
 349           // this might occur for CDS sequences where no features are
 350           // marked.
 351           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 352               dna.getEnd() };
 353           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 354                   3, 1);
 355         }
 356         if ((prseq.length() + 1) * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 357         {
 358           System.err
 359                   .println("Allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... will probably cause an error in VAMSAs!");
 360           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 361               dna.getEnd() - 3 };
 362           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 363                   3, 1);
 364         }
 365       }
 366       else
 367       {
 368         // Trim the exon mapping if necessary - the given product may only be a
 369         // fragment of a larger protein. (EMBL:AY043181 is an example)
 370
 371         if (isEmblCdna)
 372         {
 373           // TODO: Add a DbRef back to the parent EMBL sequence with the exon
 374           // map
 375           // if given a dataset reference, search dataset for parent EMBL
 376           // sequence if it exists and set its map
 377           // make a new feature annotating the coding contig
 378         }
 379         else
 380         {
 381           // final product length truncation check
 382           // TODO should from range include stop codon even if not in protein
 383           // in order to include stop codon in CDS sequence (as done for
 384           // Ensembl)?
 385           int[] cdsRanges = adjustForProteinLength(prseq.length(), exon);
 386           map = new Mapping(product, cdsRanges, new int[] { 1,
 387               prseq.length() }, 3, 1);
 388           // reconstruct the EMBLCDS entry
 389           // TODO: this is only necessary when there codon annotation is
 390           // complete (I think JBPNote)
 391           DBRefEntry pcdnaref = new DBRefEntry();
 392           pcdnaref.setAccessionId(prid);
 393           pcdnaref.setSource(DBRefSource.EMBLCDS);
 394           pcdnaref.setVersion(getSequenceVersion()); // same as parent EMBL
 395                                                      // version.
 396           MapList mp = new MapList(new int[] { 1, prseq.length() },
 397                   new int[] { 1 + (codonStart - 1),
 398                       (codonStart - 1) + 3 * prseq.length() }, 1, 3);
 399           pcdnaref.setMap(new Mapping(mp));
 400           if (product != null)
 401           {
 402             product.addDBRef(pcdnaref);
 403             protEMBLCDS = new DBRefEntry(pcdnaref);
 404             protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 405             product.addDBRef(protEMBLCDS);
 406           }
 407         }
 408       }
 409       // add cds feature to dna seq - this may include the stop codon
 410       for (int xint = 0; exon != null && xint < exon.length; xint += 2)
 411       {
 412         SequenceFeature sf = makeCdsFeature(exon, xint, prname, prid, vals,
 413                 codonStart);
 414         sf.setType(feature.getName()); // "CDS"
 415         sf.setEnaLocation(feature.getLocation());
 416         sf.setFeatureGroup(sourceDb);
 417         dna.addSequenceFeature(sf);
 418       }
 419     }
 420
 421     /*
 422      * add dbRefs to sequence, and mappings for Uniprot xrefs
 423      */
 424     if (feature.dbRefs != null)
 425     {
 426       boolean mappingUsed = false;
 427       for (DBRefEntry ref : feature.dbRefs)
 428       {
 429         ref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(ref.getSource()));
 430         if (ref.getSource().equals(DBRefSource.UNIPROT))
 431         {
 432           String proteinSeqName = DBRefSource.UNIPROT + "|"
 433                   + ref.getAccessionId();
 434           if (map != null && map.getTo() != null)
 435           {
 436             if (mappingUsed)
 437             {
 438               /*
 439                * two or more Uniprot xrefs for the same CDS -
 440                * each needs a distinct Mapping (as to a different sequence)
 441                */
 442               map = new Mapping(map);
 443             }
 444             mappingUsed = true;
 445
 446             /*
 447              * try to locate the protein mapped to (possibly by a
 448              * previous CDS feature)
 449              */
 450             SequenceI proteinSeq = matcher.findIdMatch(proteinSeqName);
 451             if (proteinSeq == null)
 452             {
 453               proteinSeq = new Sequence(proteinSeqName,
 454                       product.getSequenceAsString());
 455               matcher.add(proteinSeq);
 456               peptides.add(proteinSeq);
 457             }
 458             map.setTo(proteinSeq);
 459             map.getTo().addDBRef(
 460                     new DBRefEntry(ref.getSource(), ref.getVersion(), ref
 461                             .getAccessionId()));
 462             ref.setMap(map);
 463           }
 464           noProteinDbref = false;
 465         }
 466         if (product != null)
 467         {
 468           DBRefEntry pref = new DBRefEntry(ref.getSource(),
 469                   ref.getVersion(), ref.getAccessionId());
 470           pref.setMap(null); // reference is direct
 471           product.addDBRef(pref);
 472           // Add converse mapping reference
 473           if (map != null)
 474           {
 475             Mapping pmap = new Mapping(dna, map.getMap().getInverse());
 476             pref = new DBRefEntry(sourceDb, getSequenceVersion(),
 477                     this.getAccession());
 478             pref.setMap(pmap);
 479             if (map.getTo() != null)
 480             {
 481               map.getTo().addDBRef(pref);
 482             }
 483           }
 484         }
 485         dna.addDBRef(ref);
 486       }
 487       if (noProteinDbref && product != null)
 488       {
 489         // add protein coding reference to dna sequence so xref matches
 490         if (protEMBLCDS == null)
 491         {
 492           protEMBLCDS = new DBRefEntry();
 493           protEMBLCDS.setAccessionId(prid);
 494           protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 495           protEMBLCDS.setVersion(getSequenceVersion());
 496           protEMBLCDS
 497                   .setMap(new Mapping(product, map.getMap().getInverse()));
 498         }
 499         product.addDBRef(protEMBLCDS);
 500
 501         // Add converse mapping reference
 502         if (map != null)
 503         {
 504           Mapping pmap = new Mapping(product, protEMBLCDS.getMap().getMap()
 505                   .getInverse());
 506           DBRefEntry ncMap = new DBRefEntry(protEMBLCDS);
 507           ncMap.setMap(pmap);
 508           if (map.getTo() != null)
 509           {
 510             dna.addDBRef(ncMap);
 511           }
 512         }
 513       }
 514     }
 515   }
 516
 517   /**
 518    * Helper method to construct a SequenceFeature for one cds range
 519    *
 520    * @param exons
 521    *          array of cds [start, end, ...] positions
 522    * @param exonStartIndex
 523    *          offset into the exons array
 524    * @param proteinName
 525    * @param proteinAccessionId
 526    * @param vals
 527    *          map of 'miscellaneous values' for feature
 528    * @param codonStart
 529    *          codon start position for CDS (1/2/3, normally 1)
 530    * @return
 531    */
 532   protected SequenceFeature makeCdsFeature(int[] exons, int exonStartIndex,
 533           String proteinName, String proteinAccessionId,
 534           Map<String, String> vals, int codonStart)
 535   {
 536     int exonNumber = exonStartIndex / 2 + 1;
 537     SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 538     sf.setBegin(Math.min(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 539     sf.setEnd(Math.max(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 540     sf.setDescription(String.format("Exon %d for protein '%s' EMBLCDS:%s",
 541             exonNumber, proteinName, proteinAccessionId));
 542     sf.setPhase(String.valueOf(codonStart - 1));
 543     sf.setStrand(exons[exonStartIndex] <= exons[exonStartIndex + 1] ? "+"
 544             : "-");
 545     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPOS, exonNumber);
 546     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPRODUCT, proteinName);
 547     if (!vals.isEmpty())
 548     {
 549       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 550       boolean first = true;
 551       for (Entry<String, String> val : vals.entrySet())
 552       {
 553         if (!first)
 554         {
 555           sb.append(";");
 556         }
 557         sb.append(val.getKey()).append("=").append(val.getValue());
 558         first = false;
 559         sf.setValue(val.getKey(), val.getValue());
 560       }
 561       sf.setAttributes(sb.toString());
 562     }
 563     return sf;
 564   }
 565
 566   /**
 567    * Returns the CDS positions as a list of [start, end, start, end...]
 568    * positions. If on the reverse strand, these will be in descending order.
 569    *
 570    * @param feature
 571    * @return
 572    */
 573   protected int[] getCdsRanges(EmblFeature feature)
 574   {
 575     if (feature.location == null)
 576     {
 577       return new int[] {};
 578     }
 579     List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation(feature.location);
 580     return ranges == null ? new int[] {} : listToArray(ranges);
 581   }
 582
 583   /**
 584    * Converts a list of [start, end] ranges to a single array of [start, end,
 585    * start, end ...]
 586    *
 587    * @param ranges
 588    * @return
 589    */
 590   int[] listToArray(List<int[]> ranges)
 591   {
 592     int[] result = new int[ranges.size() * 2];
 593     int i = 0;
 594     for (int[] range : ranges)
 595     {
 596       result[i++] = range[0];
 597       result[i++] = range[1];
 598     }
 599     return result;
 600   }
 601
 602   /**
 603    * truncate the last exon interval to the prlength'th codon
 604    *
 605    * @param prlength
 606    * @param exon
 607    * @return new exon
 608    */
 609   static int[] adjustForProteinLength(int prlength, int[] exon)
 610   {
 611     if (prlength <= 0 || exon == null)
 612     {
 613       return exon;
 614     }
 615     int desiredCdsLength = prlength * 3;
 616     int exonLength = MappingUtils.getLength(Arrays.asList(exon));
 617
 618     /*
 619      * assuming here exon might include stop codon in addition to protein codons
 620      */
 621     if (desiredCdsLength == exonLength
 622             || desiredCdsLength == exonLength - 3)
 623     {
 624       return exon;
 625     }
 626
 627     int origxon[];
 628     int sxpos = -1;
 629     int endxon = 0;
 630     origxon = new int[exon.length];
 631     System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 632     int cdspos = 0;
 633     for (int x = 0; x < exon.length; x += 2)
 634     {
 635       cdspos += Math.abs(exon[x + 1] - exon[x]) + 1;
 636       if (desiredCdsLength <= cdspos)
 637       {
 638         // advanced beyond last codon.
 639         sxpos = x;
 640         if (desiredCdsLength != cdspos)
 641         {
 642           // System.err
 643           // .println("Truncating final exon interval on region by "
 644           // + (cdspos - cdslength));
 645         }
 646
 647         /*
 648          * shrink the final exon - reduce end position if forward
 649          * strand, increase it if reverse
 650          */
 651         if (exon[x + 1] >= exon[x])
 652         {
 653           endxon = exon[x + 1] - cdspos + desiredCdsLength;
 654         }
 655         else
 656         {
 657           endxon = exon[x + 1] + cdspos - desiredCdsLength;
 658         }
 659         break;
 660       }
 661     }
 662
 663     if (sxpos != -1)
 664     {
 665       // and trim the exon interval set if necessary
 666       int[] nxon = new int[sxpos + 2];
 667       System.arraycopy(exon, 0, nxon, 0, sxpos + 2);
 668       nxon[sxpos + 1] = endxon; // update the end boundary for the new exon
 669                                 // set
 670       exon = nxon;
 671     }
 672     return exon;
 673   }
 674
 675   public String getSequenceVersion()
 676   {
 677     return sequenceVersion;
 678   }
 679
 680   public void setSequenceVersion(String sequenceVersion)
 681   {
 682     this.sequenceVersion = sequenceVersion;
 683   }
 684
 685   public String getSequenceLength()
 686   {
 687     return sequenceLength;
 688   }
 689
 690   public void setSequenceLength(String sequenceLength)
 691   {
 692     this.sequenceLength = sequenceLength;
 693   }
 694
 695   public String getEntryVersion()
 696   {
 697     return entryVersion;
 698   }
 699
 700   public void setEntryVersion(String entryVersion)
 701   {
 702     this.entryVersion = entryVersion;
 703   }
 704
 705   public String getMoleculeType()
 706   {
 707     return moleculeType;
 708   }
 709
 710   public void setMoleculeType(String moleculeType)
 711   {
 712     this.moleculeType = moleculeType;
 713   }
 714
 715   public String getTopology()
 716   {
 717     return topology;
 718   }
 719
 720   public void setTopology(String topology)
 721   {
 722     this.topology = topology;
 723   }
 724
 725   public String getTaxonomicDivision()
 726   {
 727     return taxonomicDivision;
 728   }
 729
 730   public void setTaxonomicDivision(String taxonomicDivision)
 731   {
 732     this.taxonomicDivision = taxonomicDivision;
 733   }
 734
 735   public String getDescription()
 736   {
 737     return description;
 738   }
 739
 740   public void setDescription(String description)
 741   {
 742     this.description = description;
 743   }
 744
 745   public String getFirstPublicDate()
 746   {
 747     return firstPublicDate;
 748   }
 749
 750   public void setFirstPublicDate(String firstPublicDate)
 751   {
 752     this.firstPublicDate = firstPublicDate;
 753   }
 754
 755   public String getFirstPublicRelease()
 756   {
 757     return firstPublicRelease;
 758   }
 759
 760   public void setFirstPublicRelease(String firstPublicRelease)
 761   {
 762     this.firstPublicRelease = firstPublicRelease;
 763   }
 764
 765   public String getLastUpdatedDate()
 766   {
 767     return lastUpdatedDate;
 768   }
 769
 770   public void setLastUpdatedDate(String lastUpdatedDate)
 771   {
 772     this.lastUpdatedDate = lastUpdatedDate;
 773   }
 774
 775   public String getLastUpdatedRelease()
 776   {
 777     return lastUpdatedRelease;
 778   }
 779
 780   public void setLastUpdatedRelease(String lastUpdatedRelease)
 781   {
 782     this.lastUpdatedRelease = lastUpdatedRelease;
 783   }
 784
 785   public String getDataClass()
 786   {
 787     return dataClass;
 788   }
 789
 790   public void setDataClass(String dataClass)
 791   {
 792     this.dataClass = dataClass;
 793   }
 794 }