src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import java.util.Iterator;
   4 import java.util.Vector;
   5
   6 public class EmblFeatureLocations {
   7     Vector locElements;
   8     String locationType;
   9     boolean locationComplement;
  10     /**
  11      * @return the locationComplement
  12      */
  13     public boolean isLocationComplement() {
  14         return locationComplement;
  15     }
  16     /**
  17      * @param locationComplement the locationComplement to set
  18      */
  19     public void setLocationComplement(boolean locationComplement) {
  20         this.locationComplement = locationComplement;
  21     }
  22     /**
  23      * @return the locationType
  24      */
  25     public String getLocationType() {
  26         return locationType;
  27     }
  28     /**
  29      * @param locationType the locationType to set
  30      */
  31     public void setLocationType(String locationType) {
  32         this.locationType = locationType;
  33     }
  34     /**
  35      * @return the locElements
  36      */
  37     public Vector getLocElements() {
  38         return locElements;
  39     }
  40     /**
  41      * @param locElements the locElements to set
  42      */
  43     public void setLocElements(Vector locElements) {
  44         this.locElements = locElements;
  45     }
  46     /**
  47      * Return all location elements as start-end pairs on referenced sequence
  48      * TODO: pass back complement and 'less than or more than' range information
  49      * @return int[] { start1, end1, ... }
  50      */
  51     public int[] getElementRanges() {
  52         if (locationType.equalsIgnoreCase("single")) {
  53             int[] se = new int[locElements.size()*2];
  54             int sepos=0;
  55             for (Iterator le=locElements.iterator();le.hasNext();) {
  56                 EmblFeatureLocElement loce = (EmblFeatureLocElement) le.next();
  57                 BasePosition bp[] = loce.getBasePositions();
  58                 if (bp.length==2) {
  59                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[0].getPos());
  60                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[1].getPos());
  61                 }
  62             }
  63             return se;
  64         }
  65         if (locationType.equalsIgnoreCase("join")) {
  66             int[] se = new int[locElements.size()*2];
  67             int sepos=0;
  68             for (Iterator le=locElements.iterator();le.hasNext();) {
  69                 EmblFeatureLocElement loce = (EmblFeatureLocElement) le.next();
  70                 BasePosition bp[] = loce.getBasePositions();
  71                 if (bp.length==2) {
  72                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[0].getPos());
  73                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[1].getPos());
  74                 }
  75             }
  76             return se;
  77         }
  78         if (locationType!=null)
  79         {
  80           jalview.bin.Cache.log.error("EmbleFeatureLocations.getElementRanges cannot deal with locationType=='"+locationType+"'");
  81         }
  82         return null;
  83     }
  84 }