src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import java.io.File;\r
   5 import java.io.FileReader;\r
   6 import java.io.Reader;\r
   7 import java.util.Vector;\r
   8 \r
   9 import org.exolab.castor.mapping.Mapping;\r
  10 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  11 \r
  12 public class EmblFile {\r
  13     Vector entries;\r
  14     Vector errors;\r
  15     /**\r
  16      * @return the entries\r
  17      */\r
  18     public Vector getEntries() {\r
  19         return entries;\r
  20     }\r
  21     /**\r
  22      * @param entries the entries to set\r
  23      */\r
  24     public void setEntries(Vector entries) {\r
  25         this.entries = entries;\r
  26     }\r
  27     /**\r
  28      * @return the errors\r
  29      */\r
  30     public Vector getErrors() {\r
  31         return errors;\r
  32     }\r
  33     /**\r
  34      * @param errors the errors to set\r
  35      */\r
  36     public void setErrors(Vector errors) {\r
  37         this.errors = errors;\r
  38     }\r
  39     /**\r
  40      * Parse an EmblXML file into an EmblFile object\r
  41      * @param file\r
  42      * @return parsed EmblXML or null if exceptions were raised\r
  43      */\r
  44     public static EmblFile getEmblFile(File file)\r
  45     {\r
  46         if (file==null)\r
  47             return null;\r
  48         try {\r
  49             return EmblFile.getEmblFile(new FileReader(file));\r
  50         }\r
  51         catch (Exception e) {\r
  52             System.err.println("Exception whilst reading EMBLfile from "+file);\r
  53             e.printStackTrace(System.err);\r
  54         }\r
  55         return null;\r
  56     }\r
  57     public static EmblFile getEmblFile(Reader file) {\r
  58         EmblFile record = new EmblFile();\r
  59         try\r
  60         {\r
  61           // 1. Load the mapping information from the file\r
  62           Mapping map = new Mapping(record.getClass().getClassLoader());\r
  63           java.net.URL url = record.getClass().getResource("/embl_mapping.xml");\r
  64           map.loadMapping(url);\r
  65 \r
  66           // 2. Unmarshal the data\r
  67           Unmarshaller unmar = new Unmarshaller(record);\r
  68           try {\r
  69               // uncomment to DEBUG EMBLFile reading unmar.setDebug(jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled());\r
  70           } catch (Exception e) {};\r
  71           unmar.setIgnoreExtraElements(true);\r
  72           unmar.setMapping(map);\r
  73 \r
  74           record = (EmblFile) unmar.unmarshal(file);\r
  75         }\r
  76         catch (Exception e)\r
  77         {\r
  78           e.printStackTrace(System.err);\r
  79           record=null;\r
  80         }\r
  81 \r
  82 \r
  83         return record;\r
  84       }\r
  85     public static void main(String args[]) {\r
  86         EmblFile myfile = EmblFile.getEmblFile(new File("C:\\Documents and Settings\\JimP\\workspace-3.2\\Jalview Release\\schemas\\embleRecord.xml"));\r
  87         if (myfile!=null && myfile.entries!=null && myfile.entries.size()>0)\r
  88             System.out.println(myfile.entries.size()+" Records read.");\r
  89         }\r
  90 }\r