src/jalview/ext/android/SparseShortArray.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.android;
  22
  23 /*
  24  * Copyright (C) 2006 The Android Open Source Project
  25  *
  26  * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
  27  * you may not use this file except in compliance with the License.
  28  * You may obtain a copy of the License at
  29  *
  30  *      http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
  31  *
  32  * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
  33  * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
  34  * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
  35  * See the License for the specific language governing permissions and
  36  * limitations under the License.
  37  */
  38 /**
  39  * SparseShortArrays map shorts to shorts. Unlike a normal array of shorts,
  40  * there can be gaps in the indices. It is intended to be more memory efficient
  41  * than using a HashMap to map Shorts to Shorts, both because it avoids
  42  * auto-boxing keys and values and its data structure doesn't rely on an extra
  43  * entry object for each mapping.
  44  *
  45  * <p>
  46  * Note that this container keeps its mappings in an array data structure, using
  47  * a binary search to find keys. The implementation is not intended to be
  48  * appropriate for data structures that may contain large numbers of items. It
  49  * is generally slower than a traditional HashMap, since lookups require a
  50  * binary search and adds and removes require inserting and deleting entries in
  51  * the array. For containers holding up to hundreds of items, the performance
  52  * difference is not significant, less than 50%.
  53  * </p>
  54  *
  55  * <p>
  56  * It is possible to iterate over the items in this container using
  57  * {@link #keyAt(int)} and {@link #valueAt(int)}. Iterating over the keys using
  58  * <code>keyAt(int)</code> with ascending values of the index will return the
  59  * keys in ascending order, or the values corresponding to the keys in ascending
  60  * order in the case of <code>valueAt(int)<code>.
  61  * </p>
  62  */
  63
  64 /*
  65  * Added to Jalview September 2016. A copy of SparseIntArray designed to store
  66  * short values (to minimise space usage).
  67  * <p>
  68  * Note that operations append, put, add throw ArithmeticException if either the
  69  * key or the resulting value overflows the range of a short. Calling code
  70  * should trap and handle this, for example by switching to using a
  71  * SparseIntArray instead.
  72  */
  73 public class SparseShortArray implements Cloneable
  74 {
  75   private short[] mKeys;
  76
  77   private short[] mValues;
  78
  79   private int mSize;
  80
  81   /**
  82    * Creates a new SparseShortArray containing no mappings.
  83    */
  84   public SparseShortArray()
  85   {
  86     this(10);
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Creates a new SparseShortArray containing no mappings that will not require
  91    * any additional memory allocation to store the specified number of mappings.
  92    * If you supply an initial capacity of 0, the sparse array will be
  93    * initialized with a light-weight representation not requiring any additional
  94    * array allocations.
  95    */
  96   public SparseShortArray(int initialCapacity)
  97   {
  98     if (initialCapacity == 0)
  99     {
 100       mKeys = new short[0];
 101       mValues = new short[0];
 102     }
 103     else
 104     {
 105       initialCapacity = idealShortArraySize(initialCapacity);
 106       mKeys = new short[initialCapacity];
 107       mValues = new short[initialCapacity];
 108     }
 109     mSize = 0;
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public SparseShortArray clone()
 114   {
 115     SparseShortArray clone = null;
 116     try
 117     {
 118       clone = (SparseShortArray) super.clone();
 119       clone.mKeys = mKeys.clone();
 120       clone.mValues = mValues.clone();
 121     } catch (CloneNotSupportedException cnse)
 122     {
 123       /* ignore */
 124     }
 125     return clone;
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Gets the int mapped from the specified key, or <code>0</code> if no such
 130    * mapping has been made.
 131    */
 132   public int get(int key)
 133   {
 134     return get(key, 0);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Gets the int mapped from the specified key, or the specified value if no
 139    * such mapping has been made.
 140    *
 141    * @throws ArithmeticException
 142    *           if key is outside the range of a short value
 143    */
 144   public int get(int key, int valueIfKeyNotFound)
 145   {
 146     checkOverflow(key);
 147     int i = ContainerHelpers.binarySearch(mKeys, mSize, (short) key);
 148     if (i < 0)
 149     {
 150       return valueIfKeyNotFound;
 151     }
 152     else
 153     {
 154       return mValues[i];
 155     }
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Removes the mapping from the specified key, if there was any.
 160    *
 161    * @throws ArithmeticException
 162    *           if key is outside the range of a short value
 163    */
 164   public void delete(int key)
 165   {
 166     checkOverflow(key);
 167     int i = ContainerHelpers.binarySearch(mKeys, mSize, (short) key);
 168     if (i >= 0)
 169     {
 170       removeAt(i);
 171     }
 172   }
 173
 174   /**
 175    * Removes the mapping at the given index.
 176    */
 177   public void removeAt(int index)
 178   {
 179     System.arraycopy(mKeys, index + 1, mKeys, index, mSize - (index + 1));
 180     System.arraycopy(mValues, index + 1, mValues, index, mSize
 181             - (index + 1));
 182     mSize--;
 183   }
 184
 185   /**
 186    * Adds a mapping from the specified key to the specified value, replacing the
 187    * previous mapping from the specified key if there was one.
 188    *
 189    * @throws ArithmeticException
 190    *           if either argument is outside the range of a short value
 191    */
 192   public void put(int key, int value)
 193   {
 194     checkOverflow(key);
 195     checkOverflow(value);
 196     int i = ContainerHelpers.binarySearch(mKeys, mSize, (short) key);
 197     if (i >= 0)
 198     {
 199       mValues[i] = (short) value;
 200     }
 201     else
 202     {
 203       i = ~i;
 204       if (mSize >= mKeys.length)
 205       {
 206         int n = idealShortArraySize(mSize + 1);
 207         short[] nkeys = new short[n];
 208         short[] nvalues = new short[n];
 209         // Log.e("SparseShortArray", "grow " + mKeys.length + " to " + n);
 210         System.arraycopy(mKeys, 0, nkeys, 0, mKeys.length);
 211         System.arraycopy(mValues, 0, nvalues, 0, mValues.length);
 212         mKeys = nkeys;
 213         mValues = nvalues;
 214       }
 215       if (mSize - i != 0)
 216       {
 217         // Log.e("SparseShortArray", "move " + (mSize - i));
 218         System.arraycopy(mKeys, i, mKeys, i + 1, mSize - i);
 219         System.arraycopy(mValues, i, mValues, i + 1, mSize - i);
 220       }
 221       mKeys[i] = (short) key;
 222       mValues[i] = (short) value;
 223       mSize++;
 224     }
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Returns the number of key-value mappings that this SparseShortArray
 229    * currently stores.
 230    */
 231   public int size()
 232   {
 233     return mSize;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Given an index in the range <code>0...size()-1</code>, returns the key from
 238    * the <code>index</code>th key-value mapping that this SparseShortArray
 239    * stores.
 240    *
 241    * <p>
 242    * The keys corresponding to indices in ascending order are guaranteed to be
 243    * in ascending order, e.g., <code>keyAt(0)</code> will return the smallest
 244    * key and <code>keyAt(size()-1)</code> will return the largest key.
 245    * </p>
 246    */
 247   public short keyAt(int index)
 248   {
 249     return mKeys[index];
 250   }
 251
 252   /**
 253    * Given an index in the range <code>0...size()-1</code>, returns the value
 254    * from the <code>index</code>th key-value mapping that this SparseShortArray
 255    * stores.
 256    *
 257    * <p>
 258    * The values corresponding to indices in ascending order are guaranteed to be
 259    * associated with keys in ascending order, e.g., <code>valueAt(0)</code> will
 260    * return the value associated with the smallest key and
 261    * <code>valueAt(size()-1)</code> will return the value associated with the
 262    * largest key.
 263    * </p>
 264    */
 265   public short valueAt(int index)
 266   {
 267     return mValues[index];
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Returns the index for which {@link #keyAt} would return the specified key,
 272    * or a negative number if the specified key is not mapped.
 273    *
 274    * @throws ArithmeticException
 275    *           if key is outside the range of a short value
 276    */
 277   public int indexOfKey(int key)
 278   {
 279     checkOverflow(key);
 280     return ContainerHelpers.binarySearch(mKeys, mSize, (short) key);
 281   }
 282
 283   /**
 284    * Returns an index for which {@link #valueAt} would return the specified key,
 285    * or a negative number if no keys map to the specified value. Beware that
 286    * this is a linear search, unlike lookups by key, and that multiple keys can
 287    * map to the same value and this will find only one of them.
 288    */
 289   public int indexOfValue(int value)
 290   {
 291     for (int i = 0; i < mSize; i++)
 292     {
 293       if (mValues[i] == value)
 294       {
 295         return i;
 296       }
 297     }
 298     return -1;
 299   }
 300
 301   /**
 302    * Removes all key-value mappings from this SparseShortArray.
 303    */
 304   public void clear()
 305   {
 306     mSize = 0;
 307   }
 308
 309   /**
 310    * Puts a key/value pair into the array, optimizing for the case where the key
 311    * is greater than all existing keys in the array.
 312    */
 313   public void append(int key, int value)
 314   {
 315     if (mSize != 0 && key <= mKeys[mSize - 1])
 316     {
 317       put(key, value);
 318       return;
 319     }
 320     int pos = mSize;
 321     if (pos >= mKeys.length)
 322     {
 323       int n = idealShortArraySize(pos + 1);
 324       short[] nkeys = new short[n];
 325       short[] nvalues = new short[n];
 326       // Log.e("SparseShortArray", "grow " + mKeys.length + " to " + n);
 327       System.arraycopy(mKeys, 0, nkeys, 0, mKeys.length);
 328       System.arraycopy(mValues, 0, nvalues, 0, mValues.length);
 329       mKeys = nkeys;
 330       mValues = nvalues;
 331     }
 332     checkOverflow(key);
 333     checkOverflow(value);
 334     mKeys[pos] = (short) key;
 335     mValues[pos] = (short) value;
 336     mSize = pos + 1;
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Throws an exception if the value is outside the range of a short.
 341    *
 342    * @param value
 343    * @throws ArithmeticException
 344    */
 345   public static void checkOverflow(int value)
 346   {
 347     if (value > Short.MAX_VALUE || value < Short.MIN_VALUE)
 348     {
 349       throw new ArithmeticException(String.valueOf(value));
 350     }
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Inlined here by copying from com.android.internal.util.ArrayUtils
 355    *
 356    * @param i
 357    * @return
 358    */
 359   public static int idealShortArraySize(int need)
 360   {
 361     return idealByteArraySize(need * 2) / 2;
 362   }
 363
 364   /**
 365    * Inlined here by copying from com.android.internal.util.ArrayUtils
 366    *
 367    * @param i
 368    * @return
 369    */
 370   public static int idealByteArraySize(int need)
 371   {
 372     for (int i = 4; i < 32; i++)
 373     {
 374       if (need <= (1 << i) - 12)
 375       {
 376         return (1 << i) - 12;
 377       }
 378     }
 379
 380     return need;
 381   }
 382
 383   /**
 384    * {@inheritDoc}
 385    *
 386    * <p>
 387    * This implementation composes a string by iterating over its mappings.
 388    */
 389   @Override
 390   public String toString()
 391   {
 392     if (size() <= 0)
 393     {
 394       return "{}";
 395     }
 396     StringBuilder buffer = new StringBuilder(mSize * 28);
 397     buffer.append('{');
 398     for (int i = 0; i < mSize; i++)
 399     {
 400       if (i > 0)
 401       {
 402         buffer.append(", ");
 403       }
 404       int key = keyAt(i);
 405       buffer.append(key);
 406       buffer.append('=');
 407       int value = valueAt(i);
 408       buffer.append(value);
 409     }
 410     buffer.append('}');
 411     return buffer.toString();
 412   }
 413
 414   /**
 415    * Method (copied from put) added for Jalview to efficiently increment a key's
 416    * value if present, else add it with the given value. This avoids a double
 417    * binary search (once to get the value, again to put the updated value).
 418    *
 419    * @param key
 420    * @oparam toAdd
 421    * @return the new value of the count for the key
 422    * @throws ArithmeticException
 423    *           if key, or result of adding toAdd, is outside the range of a
 424    *           short value
 425    */
 426   public int add(int key, int toAdd)
 427   {
 428     int newValue = toAdd;
 429     checkOverflow(key);
 430     int i = ContainerHelpers.binarySearch(mKeys, mSize, (short) key);
 431     if (i >= 0)
 432     {
 433       checkOverflow(toAdd + mValues[i]);
 434       mValues[i] += (short) toAdd;
 435       newValue = mValues[i];
 436     }
 437     else
 438     {
 439       checkOverflow(toAdd);
 440       i = ~i;
 441       if (mSize >= mKeys.length)
 442       {
 443         int n = idealShortArraySize(mSize + 1);
 444         short[] nkeys = new short[n];
 445         short[] nvalues = new short[n];
 446         System.arraycopy(mKeys, 0, nkeys, 0, mKeys.length);
 447         System.arraycopy(mValues, 0, nvalues, 0, mValues.length);
 448         mKeys = nkeys;
 449         mValues = nvalues;
 450       }
 451       if (mSize - i != 0)
 452       {
 453         System.arraycopy(mKeys, i, mKeys, i + 1, mSize - i);
 454         System.arraycopy(mValues, i, mValues, i + 1, mSize - i);
 455       }
 456       mKeys[i] = (short) key;
 457       mValues[i] = (short) toAdd;
 458       mSize++;
 459     }
 460     return newValue;
 461   }
 462 }