src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeControlsI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8
   9 import java.awt.Component;
  10 import java.awt.Container;
  11 import java.awt.Dimension;
  12 import java.awt.Event;
  13 import java.awt.Font;
  14 import java.awt.Image;
  15 import java.awt.MenuComponent;
  16 import java.awt.event.ActionEvent;
  17 import java.awt.event.ActionListener;
  18
  19 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  20 import javax.swing.JLayeredPane;
  21 import javax.swing.JMenu;
  22 import javax.swing.JMenuBar;
  23 import javax.swing.JMenuItem;
  24 import javax.swing.JRootPane;
  25 import javax.swing.JSeparator;
  26 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  27
  28 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  29
  30 public class AptxFrame implements ExternalTreeFrame
  31 {
  32   private final MainFrame aptxFrame;
  33
  34   private ExternalTreePanel aptxPanel;
  35
  36   private ExternalTreeControlsI aptxControls;
  37
  38   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  39   {
  40     aptxFrame = aptx;
  41     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  42             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  43     aptxControls = new AptxControlPanel(
  44             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  45     adaptAptxGui(aptxFrame);
  46
  47   }
  48   /**
  49    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  50    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  51    * tree sorting item.
  52    *
  53    *
  54    * @param aptxFrame
  55    */
  56   private void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  57   {
  58     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  59     boolean epsAdded = false;
  60     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  61       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  62       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  63
  64       if (menu.getText().contains("File"))
  65       {
  66         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  67         // come directly after them
  68         Component previousComp = null;
  69         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
  70         {
  71           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
  72           if (previousComp instanceof JMenuItem)
  73           {
  74             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
  75             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
  76                     || previousMenuItem.getText()
  77                             .startsWith("New")
  78                     || previousMenuItem.getText()
  79                             .startsWith("Close Tab"))
  80             {
  81               previousComp.setVisible(false);
  82
  83               if (menuItem instanceof JSeparator)
  84               {
  85                 menuItem.setVisible(false);
  86               }
  87
  88             }
  89
  90             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
  91                     .startsWith("Export to"))
  92             {
  93               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
  94               menu.add(exportEps, x);
  95               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
  96               {
  97
  98                 @Override
  99                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 100                 {
 101                   // TODO Auto-generated method stub
 102
 103                 }
 104
 105               });
 106               epsAdded = true;
 107
 108             }
 109           }
 110           previousComp = menuItem;
 111         }
 112       }
 113       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 114       {
 115         menu.setVisible(false);
 116       }
 117       else if (menu.getText().contains("View"))
 118       {
 119         menu.addSeparator();
 120         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 121         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 122                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 123
 124         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 125
 126         menu.add(sortByTree);
 127         menu.add(refreshJalview);
 128
 129         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 130         refreshJalview.addActionListener(new ActionListener()
 131         {
 132
 133           @Override
 134           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 135           {
 136             // TODO Auto-generated method stub
 137
 138           }
 139
 140         });
 141
 142
 143       }
 144
 145     }
 146     aptxFrame.validate();
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public ExternalTreePanel getTreePanel()
 151   {
 152     return aptxPanel;
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public ExternalTreeI getTree()
 157   {
 158     return aptxPanel.getTree();
 159   }
 160
 161   @Override
 162   public void checkMultipleTrees()
 163   {
 164     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 165
 166   }
 167
 168   @Override
 169   public int getNumberOfTrees()
 170   {
 171     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 172   }
 173
 174   @Override
 175   public ExternalTreeControlsI getTreeControls()
 176   {
 177     return aptxControls;
 178   }
 179
 180   @Override
 181   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 182   {
 183     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 184   }
 185
 186   @Override
 187   public JRootPane getRootPane()
 188   {
 189     return aptxFrame.getRootPane();
 190   }
 191
 192   @Override
 193   public void setContentPane(Container contentPane)
 194   {
 195     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 196
 197   }
 198
 199   @Override
 200   public Container getContentPane()
 201   {
 202     return aptxFrame.getContentPane();
 203   }
 204
 205   @Override
 206   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 207   {
 208     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 209
 210   }
 211
 212   @Override
 213   public JLayeredPane getLayeredPane()
 214   {
 215     return aptxFrame.getLayeredPane();
 216   }
 217
 218   @Override
 219   public void setGlassPane(Component glassPane)
 220   {
 221     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 222
 223   }
 224
 225   @Override
 226   public Component getGlassPane()
 227   {
 228     return aptxFrame.getGlassPane();
 229   }
 230
 231   @Override
 232   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 233           int width, int height)
 234   {
 235     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 236   }
 237
 238   @Override
 239   public Font getFont()
 240   {
 241     return aptxFrame.getFont();
 242   }
 243
 244   @Override
 245   public void remove(MenuComponent comp)
 246   {
 247     aptxFrame.remove(comp);
 248
 249   }
 250
 251   @Deprecated
 252   @Override
 253   public boolean postEvent(Event evt)
 254   {
 255     return aptxFrame.postEvent(evt);
 256   }
 257
 258   @Override
 259   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 260   {
 261     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 262
 263   }
 264
 265   @Override
 266   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 267   {
 268     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 269
 270   }
 271
 272   @Override
 273   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 274   {
 275     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 276
 277   }
 278
 279   @Override
 280   public void repaint()
 281   {
 282     aptxFrame.repaint();
 283
 284   }
 285
 286   @Override
 287   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 288   {
 289     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 290
 291   }
 292
 293   @Override
 294   public boolean isShowing()
 295   {
 296     return aptxFrame.isShowing();
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public Container getTopLevelAncestor()
 301   {
 302     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 303   }
 304
 305   @Override
 306   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 307           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 308   {
 309     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 310             resizable, ignoreMinSize);
 311
 312   }
 313
 314 }