src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeControlsI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   8 import jalview.gui.Desktop;
   9 import jalview.gui.EPSOptions;
  10 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  11 import jalview.io.JalviewFileView;
  12 import jalview.util.ImageMaker;
  13 import jalview.util.MessageManager;
  14
  15 import java.awt.Component;
  16 import java.awt.Container;
  17 import java.awt.Dimension;
  18 import java.awt.Event;
  19 import java.awt.Font;
  20 import java.awt.Image;
  21 import java.awt.MenuComponent;
  22 import java.awt.event.ActionEvent;
  23 import java.awt.event.ActionListener;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25
  26 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  27 import javax.swing.JLayeredPane;
  28 import javax.swing.JMenu;
  29 import javax.swing.JMenuBar;
  30 import javax.swing.JMenuItem;
  31 import javax.swing.JRootPane;
  32 import javax.swing.JSeparator;
  33 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  34
  35 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  36 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  37
  38 public class AptxFrame implements ExternalTreeFrame
  39 {
  40   private final MainFrame aptxFrame;
  41
  42   private ExternalTreePanel aptxPanel;
  43
  44   private ExternalTreeControlsI aptxControls;
  45
  46   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  47   {
  48     aptxFrame = aptx;
  49     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  50             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  51     aptxControls = new AptxControlPanel(
  52             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  53     adaptAptxGui(aptxFrame);
  54
  55   }
  56   /**
  57    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  58    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  59    * tree sorting item.
  60    *
  61    *
  62    * @param aptxFrame
  63    */
  64   private void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  65   {
  66     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  67     boolean epsAdded = false;
  68     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  69       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  70       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  71
  72       if (menu.getText().contains("File"))
  73       {
  74         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  75         // come directly after them
  76         Component previousComp = null;
  77         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
  78         {
  79           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
  80           if (previousComp instanceof JMenuItem)
  81           {
  82             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
  83             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
  84                     || previousMenuItem.getText()
  85                             .startsWith("New")
  86                     || previousMenuItem.getText()
  87                             .startsWith("Close Tab"))
  88             {
  89               previousComp.setVisible(false);
  90
  91               if (menuItem instanceof JSeparator)
  92               {
  93                 menuItem.setVisible(false);
  94               }
  95
  96             }
  97
  98             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
  99                     .startsWith("Export to"))
 100             {
 101               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
 102               menu.add(exportEps, x);
 103               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
 104               {
 105
 106                 @Override
 107                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 108                 {
 109                   epsTree_actionPerformed(e);
 110
 111                 }
 112
 113               });
 114               epsAdded = true;
 115
 116             }
 117           }
 118           previousComp = menuItem;
 119         }
 120       }
 121       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 122       {
 123         menu.setVisible(false);
 124       }
 125       else if (menu.getText().contains("View"))
 126       {
 127         menu.addSeparator();
 128         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 129         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 130                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 131
 132         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 133
 134         menu.add(sortByTree);
 135         menu.add(refreshJalview);
 136
 137         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 138         refreshJalview.addActionListener(new ActionListener()
 139         {
 140
 141           @Override
 142           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 143           {
 144             // TODO Auto-generated method stub
 145
 146           }
 147
 148         });
 149
 150
 151       }
 152
 153     }
 154     aptxFrame.validate();
 155   }
 156
 157   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 158   {
 159     boolean accurateText = true;
 160
 161     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 162             "Prompt each time");
 163
 164     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 165     // Prompt for EPS rendering style
 166     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 167             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 168                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 169     {
 170       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 171       renderStyle = eps.getValue();
 172
 173       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 174       {
 175         return;
 176       }
 177
 178     }
 179
 180     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 181     {
 182       accurateText = false;
 183     }
 184
 185     int width = getTreePanel().getWidth();
 186     int height = getTreePanel().getHeight();
 187
 188     try
 189     {
 190       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 191               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 192       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 193       chooser.setDialogTitle(
 194               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 195       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 196
 197       int value = chooser.showSaveDialog(aptxFrame);
 198
 199       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 200       {
 201         return;
 202       }
 203
 204       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 205               chooser.getSelectedFile().getParent());
 206
 207       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 208               chooser.getSelectedFile());
 209       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 210               height);
 211
 212       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 213
 214       getTreePanel().paintToFile(pg, width, height);
 215
 216       pg.flush();
 217       pg.close();
 218     } catch (Exception ex)
 219     {
 220       ex.printStackTrace();
 221     }
 222   }
 223   @Override
 224   public ExternalTreePanel getTreePanel()
 225   {
 226     return aptxPanel;
 227   }
 228
 229   @Override
 230   public ExternalTreeI getTree()
 231   {
 232     return aptxPanel.getTree();
 233   }
 234
 235   @Override
 236   public void checkMultipleTrees()
 237   {
 238     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 239
 240   }
 241
 242   @Override
 243   public int getNumberOfTrees()
 244   {
 245     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 246   }
 247
 248   @Override
 249   public ExternalTreeControlsI getTreeControls()
 250   {
 251     return aptxControls;
 252   }
 253
 254   @Override
 255   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 256   {
 257     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 258   }
 259
 260   @Override
 261   public JRootPane getRootPane()
 262   {
 263     return aptxFrame.getRootPane();
 264   }
 265
 266   @Override
 267   public void setContentPane(Container contentPane)
 268   {
 269     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 270
 271   }
 272
 273   @Override
 274   public Container getContentPane()
 275   {
 276     return aptxFrame.getContentPane();
 277   }
 278
 279   @Override
 280   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 281   {
 282     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 283
 284   }
 285
 286   @Override
 287   public JLayeredPane getLayeredPane()
 288   {
 289     return aptxFrame.getLayeredPane();
 290   }
 291
 292   @Override
 293   public void setGlassPane(Component glassPane)
 294   {
 295     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 296
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public Component getGlassPane()
 301   {
 302     return aptxFrame.getGlassPane();
 303   }
 304
 305   @Override
 306   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 307           int width, int height)
 308   {
 309     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 310   }
 311
 312   @Override
 313   public Font getFont()
 314   {
 315     return aptxFrame.getFont();
 316   }
 317
 318   @Override
 319   public void remove(MenuComponent comp)
 320   {
 321     aptxFrame.remove(comp);
 322
 323   }
 324
 325   @Deprecated
 326   @Override
 327   public boolean postEvent(Event evt)
 328   {
 329     return aptxFrame.postEvent(evt);
 330   }
 331
 332   @Override
 333   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 334   {
 335     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 336
 337   }
 338
 339   @Override
 340   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 341   {
 342     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 343
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 348   {
 349     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 350
 351   }
 352
 353   @Override
 354   public void repaint()
 355   {
 356     aptxFrame.repaint();
 357
 358   }
 359
 360   @Override
 361   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 362   {
 363     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 364
 365   }
 366
 367   @Override
 368   public boolean isShowing()
 369   {
 370     return aptxFrame.isShowing();
 371   }
 372
 373   @Override
 374   public Container getTopLevelAncestor()
 375   {
 376     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 377   }
 378
 379   @Override
 380   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 381           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 382   {
 383     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 384             resizable, ignoreMinSize);
 385
 386   }
 387
 388 }