src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeControlsI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   8 import jalview.gui.Desktop;
   9 import jalview.gui.EPSOptions;
  10 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  11 import jalview.io.JalviewFileView;
  12 import jalview.util.ImageMaker;
  13 import jalview.util.MessageManager;
  14
  15 import java.awt.Component;
  16 import java.awt.Container;
  17 import java.awt.Dimension;
  18 import java.awt.Event;
  19 import java.awt.Font;
  20 import java.awt.Image;
  21 import java.awt.MenuComponent;
  22 import java.awt.event.ActionEvent;
  23 import java.awt.event.ActionListener;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25
  26 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  27 import javax.swing.JLayeredPane;
  28 import javax.swing.JMenu;
  29 import javax.swing.JMenuBar;
  30 import javax.swing.JMenuItem;
  31 import javax.swing.JRootPane;
  32 import javax.swing.JSeparator;
  33 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  34
  35 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  36 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  37 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  40
  41 public class AptxFrame implements ExternalTreeFrame
  42 {
  43   private final MainFrame aptxFrame;
  44
  45   private ExternalTreePanel aptxPanel;
  46
  47   private ExternalTreeControlsI aptxControls;
  48
  49
  50   public AptxFrame(Phylogeny tree, Configuration aptxConfig,
  51           String treeTitle)
  52   {
  53     this(Archaeopteryx.createApplication(tree,
  54             aptxConfig,
  55             treeTitle));
  56
  57   }
  58
  59
  60   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  61   {
  62
  63     aptxFrame = aptx;
  64     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  65             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  66     aptxControls = new AptxControlPanel(
  67             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  68     adaptAptxGui(aptxFrame);
  69
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  74    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  75    * tree sorting menu item.
  76    *
  77    *
  78    * @param aptxFrame
  79    */
  80   protected void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  81   {
  82     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  83     boolean epsAdded = false;
  84     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  85       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  86       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  87
  88       if (menu.getText().contains("File"))
  89       {
  90         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  91         // come directly after them
  92         Component previousComp = null;
  93         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
  94         {
  95           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
  96           if (previousComp instanceof JMenuItem)
  97           {
  98             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
  99             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
 100                     || previousMenuItem.getText()
 101                             .startsWith("New")
 102                     || previousMenuItem.getText()
 103                             .startsWith("Close Tab"))
 104             {
 105               previousComp.setVisible(false);
 106
 107               if (menuItem instanceof JSeparator)
 108               {
 109                 menuItem.setVisible(false);
 110               }
 111
 112             }
 113
 114             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
 115                     .startsWith("Export to"))
 116             {
 117               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
 118               menu.add(exportEps, x);
 119               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
 120               {
 121
 122                 @Override
 123                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 124                 {
 125                   epsTree_actionPerformed(e);
 126
 127                 }
 128
 129               });
 130               epsAdded = true;
 131
 132             }
 133           }
 134           previousComp = menuItem;
 135         }
 136       }
 137       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 138       {
 139         menu.setVisible(false);
 140       }
 141       else if (menu.getText().contains("View"))
 142       {
 143         menu.addSeparator();
 144         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 145         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 146                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 147
 148         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 149
 150         menu.add(sortByTree);
 151         menu.add(refreshJalview);
 152
 153         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 154         refreshJalview.addActionListener(new ActionListener()
 155         {
 156
 157           @Override
 158           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 159           {
 160             // TODO Auto-generated method stub
 161
 162           }
 163
 164         });
 165
 166
 167       }
 168
 169     }
 170     // aptxFrame.validate();
 171   }
 172
 173   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 174   {
 175     boolean accurateText = true;
 176
 177     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 178             "Prompt each time");
 179
 180     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 181     // Prompt for EPS rendering style
 182     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 183             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 184                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 185     {
 186       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 187       renderStyle = eps.getValue();
 188
 189       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 190       {
 191         return;
 192       }
 193
 194     }
 195
 196     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 197     {
 198       accurateText = false;
 199     }
 200
 201     int width = getTreePanel().getWidth();
 202     int height = getTreePanel().getHeight();
 203
 204     try
 205     {
 206       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 207               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 208       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 209       chooser.setDialogTitle(
 210               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 211       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 212
 213       int value = chooser.showSaveDialog(aptxFrame);
 214
 215       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 216       {
 217         return;
 218       }
 219
 220       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 221               chooser.getSelectedFile().getParent());
 222
 223       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 224               chooser.getSelectedFile());
 225       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 226               height);
 227
 228       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 229
 230       getTreePanel().paintToFile(pg, width, height);
 231
 232       pg.flush();
 233       pg.close();
 234     } catch (Exception ex)
 235     {
 236       ex.printStackTrace();
 237     }
 238   }
 239   @Override
 240   public ExternalTreePanel getTreePanel()
 241   {
 242     return aptxPanel;
 243   }
 244
 245   @Override
 246   public ExternalTreeI getTree()
 247   {
 248     return aptxPanel.getTree();
 249   }
 250
 251   @Override
 252   public void checkMultipleTrees()
 253   {
 254     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 255
 256   }
 257
 258   @Override
 259   public int getNumberOfTrees()
 260   {
 261     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 262   }
 263
 264   @Override
 265   public ExternalTreeControlsI getTreeControls()
 266   {
 267     return aptxControls;
 268   }
 269
 270   @Override
 271   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 272   {
 273     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 274   }
 275
 276   @Override
 277   public JRootPane getRootPane()
 278   {
 279     return aptxFrame.getRootPane();
 280   }
 281
 282   @Override
 283   public void setContentPane(Container contentPane)
 284   {
 285     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 286
 287   }
 288
 289   @Override
 290   public Container getContentPane()
 291   {
 292     return aptxFrame.getContentPane();
 293   }
 294
 295   @Override
 296   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 297   {
 298     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 299
 300   }
 301
 302   @Override
 303   public JLayeredPane getLayeredPane()
 304   {
 305     return aptxFrame.getLayeredPane();
 306   }
 307
 308   @Override
 309   public void setGlassPane(Component glassPane)
 310   {
 311     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 312
 313   }
 314
 315   @Override
 316   public Component getGlassPane()
 317   {
 318     return aptxFrame.getGlassPane();
 319   }
 320
 321   @Override
 322   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 323           int width, int height)
 324   {
 325     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 326   }
 327
 328   @Override
 329   public Font getFont()
 330   {
 331     return aptxFrame.getFont();
 332   }
 333
 334   @Override
 335   public void remove(MenuComponent comp)
 336   {
 337     aptxFrame.remove(comp);
 338
 339   }
 340
 341   @Deprecated
 342   @Override
 343   public boolean postEvent(Event evt)
 344   {
 345     return aptxFrame.postEvent(evt);
 346   }
 347
 348   @Override
 349   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 350   {
 351     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 352
 353   }
 354
 355   @Override
 356   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 357   {
 358     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 359
 360   }
 361
 362   @Override
 363   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 364   {
 365     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 366
 367   }
 368
 369   @Override
 370   public void repaint()
 371   {
 372     aptxFrame.repaint();
 373
 374   }
 375
 376   @Override
 377   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 378   {
 379     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 380
 381   }
 382
 383   @Override
 384   public boolean isShowing()
 385   {
 386     return aptxFrame.isShowing();
 387   }
 388
 389   @Override
 390   public Container getTopLevelAncestor()
 391   {
 392     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 393   }
 394
 395   @Override
 396   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 397           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 398   {
 399     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 400             resizable, ignoreMinSize);
 401
 402   }
 403
 404 }