src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeControlsI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   7
   8 import java.awt.Component;
   9
  10 import javax.swing.JMenu;
  11 import javax.swing.JMenuBar;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13 import javax.swing.JSeparator;
  14
  15 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  16
  17 public class AptxFrame extends ExternalTreeFrame
  18 {
  19   private final MainFrame aptxFrame;
  20
  21   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  22   {
  23     aptxFrame = aptx;
  24     adaptAptxGui(aptxFrame);
  25
  26   }
  27   /**
  28    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  29    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  30    * tree sorting item.
  31    *
  32    *
  33    * @param aptxFrame
  34    */
  35   private void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  36   {
  37     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  38
  39     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount(); i++)
  40     {
  41       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  42
  43       if (menu.getText().startsWith("File"))
  44       {
  45         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  46         // come directly after them
  47         Component previousMenuItem = null;
  48         for (Component menuItem : menu.getMenuComponents())
  49         {
  50           if (previousMenuItem instanceof JMenuItem)
  51           {
  52             if (((JMenuItem) previousMenuItem).getText().startsWith("Read")
  53                     || ((JMenuItem) previousMenuItem).getText()
  54                             .startsWith("New"))
  55             {
  56               previousMenuItem.setVisible(false);
  57
  58               if (menuItem instanceof JSeparator)
  59               {
  60                 menuItem.setVisible(false);
  61               }
  62             }
  63           }
  64           previousMenuItem = menuItem;
  65         }
  66       }
  67       else if (menu.getText().startsWith("Inference"))
  68       {
  69         menu.setVisible(false);
  70       }
  71       else if (menu.getText().startsWith("View"))
  72       {
  73         menu.addSeparator();
  74         JMenuItem sortMenuItem = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
  75         sortMenuItem.setVisible(false);
  76         menu.add(sortMenuItem);
  77       }
  78
  79     }
  80     aptxFrame.validate();
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public ExternalTreePanel getTreePanel()
  85   {
  86     ExternalTreePanel aptxPanel = new AptxTreePanel(
  87             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  88     return aptxPanel;
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public void switchTreePanel(int panelIndex)
  93   {
  94     aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabComponentAt(panelIndex);
  95
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public ExternalTreeI getTree()
 100   {
 101     return new Tree(
 102             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public void checkMultipleTrees()
 107   {
 108     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 109
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public int getNumberOfTrees()
 114   {
 115     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 116   }
 117
 118   @Override
 119   public ExternalTreeControlsI getTreeControls()
 120   {
 121     return new AptxControlPanel(aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
 122   }
 123 }