src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxInit.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeBuilderI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeViewerBindingI;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   9
  10 import java.awt.Dimension;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  14 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  15 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  16 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  17
  18 /**
  19  * Static class for creating Archaeopteryx tree viewer instances from calculated
  20  * trees and letting them be bound to Jalview.
  21  *
  22  * @author kjvanderheide
  23  *
  24  */
  25 public final class AptxInit
  26 {
  27   /**
  28    * Test method, should generally not be used as it does not bind the tree to
  29    * its alignment
  30    *
  31    * @param aptxTrees
  32    * @return
  33    */
  34   public static MainFrame createUnboundInstance(final Phylogeny aptxTree)
  35   {
  36     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree };
  37     return createAptxFrame(aptxTrees);
  38   }
  39
  40   // public static MainFrame createInstance(final Phylogeny[] aptxTrees,
  41   // AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  42   // {
  43   // return createAptxFrameInJalview(aptxTrees);
  44   //
  45   // }
  46   //
  47   // public static MainFrame createInstance(final Phylogeny aptxTree,
  48   // final AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  49   // {
  50   // Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  51   // // several trees simultaneously
  52   // return createAptxFrameInJalview(aptxTrees);
  53   //
  54   // }
  55
  56   public static MainFrame createInstance(
  57           final TreeBuilder calculatedTree) // very dense method, to be split up
  58   {
  59     ExternalTreeBuilderI<Phylogeny, PhylogenyNode> aptxTreeBuilder = new AptxTreeBuilder(
  60             calculatedTree);
  61
  62     Phylogeny aptxTree = aptxTreeBuilder.buildTree();
  63     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  64                                           // several trees simultaneously
  65
  66     MainFrame aptxApp = createAptxFrame(aptxTrees);
  67
  68     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, calculatedTree.getAvport(),
  69             aptxTreeBuilder.getAlignmentBoundNodes(),
  70             aptxTreeBuilder.getNodesBoundAlignment());
  71
  72     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  73
  74   }
  75
  76   public static MainFrame createInstanceFromFile(String filePath,
  77           AlignmentViewport viewport)
  78   {
  79     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  80         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  81     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  82
  83     LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  84             viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  85             aptxApp.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  86
  87     bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  88
  89     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, viewport,
  90             bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  91             bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  92
  93     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  94   }
  95
  96
  97
  98   public static MainFrame createAptxFrame(
  99           final Phylogeny[] aptxTrees)
 100   {
 101     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.createApplication(aptxTrees,
 102             "_aptx_jalview_configuration_file", null);
 103     return aptxApp;
 104   }
 105
 106
 107   public static ExternalTreeViewerBindingI<?> bindNodesToJalviewSequences(
 108           final MainFrame aptxApp,
 109           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
 110           final Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignMappedToNodes,
 111           final Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesMappedToAlign)
 112   {
 113     return new JalviewBinding(aptxApp, jalviewAlignViewport,
 114             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
 115   }
 116
 117
 118   public static MainFrame bindFrameToJalview(final MainFrame aptxApp)
 119   {
 120     int width = 400;
 121     int height = 550;
 122     aptxApp.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 123     // aptxApp.setFont(Desktop.instance.getFont());
 124     // aptxApp.getMainPanel().setFont(Desktop.instance.getFont());
 125
 126     Desktop.addInternalFrame(aptxApp, "Archaeopteryx Tree View", true,
 127             width, height, true, true);
 128
 129     return aptxApp;
 130
 131   }
 132
 133
 134 }