src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxNodeAssociation.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.forester.ForesterDataConversions;
   6
   7 import java.util.HashMap;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13
  14 public class AptxNodeAssociation
  15         implements ExternalLoadedTreeAssociationI
  16 {
  17   SequenceI[] alignSequences;
  18
  19   Phylogeny tree;
  20
  21   Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignmentWithNodes;
  22
  23   Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesWithAlignment;
  24
  25   public AptxNodeAssociation(SequenceI[] alignmentSequences,
  26           Phylogeny aptxTree)
  27   {
  28     alignSequences = alignmentSequences;
  29     tree = aptxTree;
  30     alignmentWithNodes = new HashMap<>(alignSequences.length);
  31     nodesWithAlignment = new HashMap<>(alignSequences.length);
  32
  33   }
  34
  35
  36
  37   /**
  38    * Tries to match sequences from Jalview with tree nodes in Archaeopteryx and
  39    * fills in the tree node with sequence data if a match is found.
  40    *
  41    * Partially refactored from the old Jalview TreeModel
  42    * associateLeavesToSequences method.
  43    *
  44    * @param seqs
  45    * @param aptxTree
  46    */
  47   @Override
  48   public void associateLeavesToSequences()
  49
  50   {
  51     SequenceIdMatcher algnIds = new SequenceIdMatcher(alignSequences);
  52
  53     List<PhylogenyNode> leaves = tree.getExternalNodes();
  54     SequenceI nodeSequence;
  55     String nodeSequenceName;
  56
  57     for (PhylogenyNode treeNode : leaves)
  58     {
  59       nodeSequenceName = treeNode.getName();
  60
  61       nodeSequence = algnIds.findIdMatch(nodeSequenceName);
  62       if (nodeSequence != null)
  63       {
  64         org.forester.phylogeny.data.Sequence foresterNodeSeq = ForesterDataConversions
  65                 .createForesterSequence(nodeSequence, true);
  66         treeNode.getNodeData().setSequence(foresterNodeSeq);
  67
  68         ExternalTreeBuilderI.putWithDuplicationCheck(alignmentWithNodes,
  69                 nodeSequence, treeNode);
  70         ExternalTreeBuilderI.putWithDuplicationCheck(nodesWithAlignment,
  71                 treeNode, nodeSequence);
  72
  73
  74       }
  75
  76     }
  77
  78   }
  79   // {
  80   // SequenceIdMatcher algnIds = new SequenceIdMatcher(seqs);
  81   //
  82   // List<PhylogenyNode> leaves = aptxTree.getExternalNodes();
  83   //
  84   // int namesleft = seqs.length;
  85   // SequenceI nodeSequence;
  86   // String nodeSequenceName;
  87   // List<SequenceI> one2many = new ArrayList<>();
  88   // int countOne2Many = 0;
  89   //
  90   // for (PhylogenyNode treeNode : leaves)
  91   // {
  92   // nodeSequenceName = treeNode.getName();
  93   // nodeSequence = null;
  94   //
  95   // if (namesleft > -1)
  96   // {
  97   // nodeSequence = algnIds.findIdMatch(nodeSequenceName);
  98   // }
  99   //
 100   // if (nodeSequence != null)
 101   // {
 102   // org.forester.phylogeny.data.Sequence foresterNodeSeq =
 103   // ForesterDataConversions.createForesterSequence(nodeSequence, true);
 104   //
 105   // treeNode.getNodeData().setSequence(foresterNodeSeq);
 106   // if (one2many.contains(nodeSequence))
 107   // {
 108   // countOne2Many++;
 109   // if (jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled())
 110   // {
 111   // jalview.bin.Cache.log.debug("One 2 many relationship for"
 112   // +nodeSequence.getName());
 113   // }
 114   // }
 115   // else
 116   // {
 117   // one2many.add(nodeSequence);
 118   // namesleft--;
 119   // }
 120   // }
 121   // else
 122   // {
 123   // treeNode.setCollapse(true); // collapse nodes that couldn't be connected
 124   // // to a sequence
 125   //
 126   //
 127   // // treeNode.setElement( new Sequence(nodeSequenceName,
 128   // "THISISAPLACEHOLDER"));
 129   // // treeNode.setPlaceholder(true);
 130   // }
 131   // }
 132   // if (jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled() && countOne2Many > 0)
 133   // {
 134   // jalview.bin.Cache.log.debug("There were " + countOne2Many
 135   // + "alignment sequence ids (out of" + one2many.size()
 136   // + " unique ids) linked to two or more leaves.");
 137   // }
 138   // one2many.clear();
 139   //
 140   // }
 141
 142 }
 143
 144
 145
 146
 147
 148