src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxTreeBuilder.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.forester.ForesterMatrix;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeBuilderI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   8 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeNodeI;
   9 import jalview.util.MappingUtils;
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.util.HashMap;
  13 import java.util.Map;
  14
  15 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
  16 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  17 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  18
  19 /**
  20  * Class for converting trees made in Jalview (through TreeBuilder) to trees
  21  * compatible with Forester (Phylogeny objects).
  22  *
  23  * Note that this currently demands a 1:1 relationship between tree nodes and
  24  * the sequences used for generating them.
  25  *
  26  * @author kjvanderheide
  27  *
  28  */
  29 public class AptxTreeBuilder
  30         implements ExternalTreeBuilderI
  31 {
  32   protected final SequenceI[] sequences;
  33
  34   protected final DistanceMatrix distances;
  35
  36   protected final TreeBuilder jalviewTree;
  37
  38   public String treeTitle;
  39
  40   private final ExternalTreeI aptxTree;
  41
  42   private ExternalTreeNodeI rootNode;
  43
  44   private final Map<SequenceI, ExternalTreeNodeI> alignmentWithNodes;
  45
  46   private final Map<ExternalTreeNodeI, SequenceI> nodesWithAlignment;
  47
  48   public AptxTreeBuilder(final TreeBuilder calculatedTree)
  49   {
  50     jalviewTree = calculatedTree;
  51     sequences = jalviewTree.getSequences();
  52     distances = ForesterMatrix.convertJalviewToForester(
  53             jalviewTree.getDistances(), sequences);
  54
  55     aptxTree = new Tree(new Phylogeny());
  56     rootNode = new TreeNode(new PhylogenyNode());
  57
  58     int amountOfSequences = distances.getSize();
  59     alignmentWithNodes = new HashMap<>(amountOfSequences);
  60     nodesWithAlignment = new HashMap<>(amountOfSequences);
  61
  62
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public ExternalTreeI buildTree(final ExternalTreeNodeI treeRoot)
  67   {
  68
  69     if (treeRoot != null)
  70     {
  71       rootNode = treeRoot;
  72     }
  73
  74     buildTree();
  75
  76     return aptxTree;
  77
  78   }
  79
  80
  81   @Override
  82   public ExternalTreeI buildTree()
  83   {
  84
  85     for (SequenceI sequence : sequences)
  86     {
  87
  88       ExternalTreeNodeI sequenceNode = new TreeNode(
  89               new PhylogenyNode(sequence.getName()));
  90
  91       sequenceNode.setSequence(sequence);
  92
  93       MappingUtils.putWithDuplicationCheck(nodesWithAlignment,
  94               sequenceNode, sequence);
  95       MappingUtils.putWithDuplicationCheck(alignmentWithNodes,
  96               sequence, sequenceNode);
  97       rootNode.addAsChild(sequenceNode);
  98     }
  99
 100
 101     aptxTree.setRoot(rootNode);
 102
 103     treeTitle = generateTreeName();
 104     aptxTree.setTreeName(treeTitle);
 105
 106     return aptxTree;
 107
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public Map<SequenceI, ExternalTreeNodeI> getAlignmentBoundNodes()
 112   {
 113     return alignmentWithNodes;
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public Map<ExternalTreeNodeI, SequenceI> getNodesBoundAlignment()
 118   {
 119     return nodesWithAlignment;
 120   }
 121
 122
 123   /**
 124    * Formats a localised title for the tree panel, like
 125    * <p>
 126    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 127    * <p>
 128    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 129    *
 130    * @return
 131    */
 132   @Override
 133   public String generateTreeName() // Move this and add selection region to the
 134                                    // title when applicable
 135   {
 136     if (treeTitle != null) // will currently never happen, loaded tree file will
 137                            // take a different path
 138     {
 139       return treeTitle;
 140     }
 141     else
 142     {
 143       /*
 144       * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 145       */
 146       String treecalcnm = MessageManager
 147               .getString("label.tree_calc_" + jalviewTree.getClass()
 148                       .getSimpleName().substring(0, 2).toLowerCase());
 149       /*
 150       * short score model name (long description can be too long)
 151       */
 152       String smn = jalviewTree.getScoreModel().getName();
 153
 154       /*
 155       * put them together as <method> Using <model>
 156       */
 157       final String ttl = MessageManager
 158               .formatMessage("label.treecalc_title", treecalcnm, smn);
 159       return ttl;
 160     }
 161   }
 162
 163
 164
 165
 166 }