src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxTreePanel.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeNodeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   6 import jalview.gui.PaintRefresher;
   7
   8 import java.awt.Event;
   9 import java.awt.Font;
  10 import java.awt.Graphics2D;
  11 import java.awt.MenuComponent;
  12 import java.awt.event.MouseListener;
  13 import java.io.File;
  14 import java.util.Set;
  15
  16 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  17
  18 public class AptxTreePanel implements ExternalTreePanel
  19 {
  20   private final org.forester.archaeopteryx.TreePanel treeView;
  21
  22   private final Tree tree;
  23
  24   private String sequenceSetId;
  25
  26   protected AptxTreePanel(
  27           org.forester.archaeopteryx.TreePanel aptxTreePanel)
  28   {
  29     treeView = aptxTreePanel;
  30     tree = new Tree(treeView.getPhylogeny());
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public void setTreeFile(File file)
  35   {
  36     treeView.setTreeFile(file);
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public ExternalTreeI getTree()
  41   {
  42     return tree;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public File getTreeFile()
  47   {
  48     return treeView.getTreeFile();
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public ExternalTreeNodeI findNode(int x, int y)
  53   {
  54     return TreeNode.getUniqueWrapper(treeView.findNode(x, y));
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public void setMatchingNodes(Set<Long> hashSet)
  59   {
  60     treeView.setFoundNodes0(hashSet);
  61
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public Set<Long> getMatchingNodes()
  66   {
  67     return treeView.getFoundNodes0();
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public AccessibleContext getAccessibleContext()
  72   {
  73     return treeView.getAccessibleContext();
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public Font getFont()
  78   {
  79     return treeView.getFont();
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void remove(MenuComponent comp)
  84   {
  85     treeView.remove(comp);
  86
  87   }
  88
  89   @Deprecated
  90   @Override
  91   public boolean postEvent(Event evt)
  92   {
  93     return treeView.postEvent(evt);
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public void addMouseListener(MouseListener listener)
  98   {
  99     treeView.addMouseListener(listener);
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void removeMouseListener(MouseListener listener)
 104   {
 105     treeView.removeMouseListener(listener);
 106
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public MouseListener[] getMouseListeners()
 111   {
 112     return treeView.getMouseListeners();
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public void repaint()
 117   {
 118     treeView.repaint();
 119
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public void registerWithPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier)
 124   {
 125     sequenceSetId = sequenceSetIdentifier;
 126     PaintRefresher.Register(treeView, sequenceSetIdentifier);
 127
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public void notifyPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier,
 132           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
 133   {
 134     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetIdentifier,
 135             alignmentChanged, validateSequences);
 136
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public void notifyPaintRefresher(boolean alignmentChanged,
 141           boolean validateSequences)
 142   {
 143     if (sequenceSetId != null)
 144     {
 145     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetId, alignmentChanged,
 146               validateSequences);
 147     }
 148     else
 149     {
 150       // throw some kind of exception
 151     }
 152
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public int getWidth()
 157   {
 158     return treeView.getWidth();
 159   }
 160
 161   @Override
 162   public int getHeight()
 163   {
 164     return treeView.getHeight();
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public void paintToFile(Graphics2D pg, int width, int height)
 169   {
 170     treeView.paintFile(pg, false, width, height, 0, 0);
 171
 172   }
 173 }