src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxTreePanel.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeNodeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreePanelI;
   6 import jalview.gui.PaintRefresher;
   7
   8 import java.awt.Dimension;
   9 import java.awt.Event;
  10 import java.awt.Font;
  11 import java.awt.Graphics2D;
  12 import java.awt.MenuComponent;
  13 import java.awt.Rectangle;
  14 import java.awt.event.MouseListener;
  15 import java.io.File;
  16 import java.util.Set;
  17
  18 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  19
  20 public class AptxTreePanel implements TreePanelI
  21 {
  22   private final org.forester.archaeopteryx.TreePanel treeView;
  23
  24   private final TreeI tree;
  25
  26   private String sequenceSetId;
  27
  28   protected AptxTreePanel(
  29           org.forester.archaeopteryx.TreePanel aptxTreePanel)
  30   {
  31     treeView = aptxTreePanel;
  32     tree = new Tree(treeView.getPhylogeny());
  33   }
  34
  35   protected AptxTreePanel(
  36           org.forester.archaeopteryx.TreePanel aptxTreePanel,
  37           TreeI aptxTree)
  38   {
  39     treeView = aptxTreePanel;
  40     tree = aptxTree;
  41
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public void setTreeFile(File file)
  46   {
  47     treeView.setTreeFile(file);
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public TreeI getTree()
  52   {
  53     return tree;
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public File getTreeFile()
  58   {
  59     return treeView.getTreeFile();
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public TreeNodeI findNode(int x, int y)
  64   {
  65     return TreeNode.getUniqueWrapper(treeView.findNode(x, y));
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public void setMatchingNodes(Set<Long> hashSet)
  70   {
  71     treeView.setFoundNodes0(hashSet);
  72
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public Set<Long> getMatchingNodes()
  77   {
  78     return treeView.getFoundNodes0();
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public AccessibleContext getAccessibleContext()
  83   {
  84     return treeView.getAccessibleContext();
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public Font getFont()
  89   {
  90     return treeView.getFont();
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public void remove(MenuComponent comp)
  95   {
  96     treeView.remove(comp);
  97
  98   }
  99
 100   @Deprecated
 101   @Override
 102   public boolean postEvent(Event evt)
 103   {
 104     return treeView.postEvent(evt);
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public void addMouseListener(MouseListener listener)
 109   {
 110     treeView.addMouseListener(listener);
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public void removeMouseListener(MouseListener listener)
 115   {
 116     treeView.removeMouseListener(listener);
 117
 118   }
 119
 120   @Override
 121   public MouseListener[] getMouseListeners()
 122   {
 123     return treeView.getMouseListeners();
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void repaint()
 128   {
 129     treeView.repaint();
 130
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public void registerWithPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier)
 135   {
 136     sequenceSetId = sequenceSetIdentifier;
 137     PaintRefresher.Register(treeView, sequenceSetIdentifier);
 138
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void notifyPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier,
 143           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
 144   {
 145     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetIdentifier,
 146             alignmentChanged, validateSequences);
 147
 148   }
 149
 150   @Override
 151   public void notifyPaintRefresher(boolean alignmentChanged,
 152           boolean validateSequences)
 153   {
 154     if (sequenceSetId != null)
 155     {
 156     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetId, alignmentChanged,
 157               validateSequences);
 158     }
 159     else
 160     {
 161       // throw some kind of exception
 162     }
 163
 164   }
 165
 166   @Override
 167   public int getWidth()
 168   {
 169     return treeView.getWidth();
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public int getHeight()
 174   {
 175     return treeView.getHeight();
 176   }
 177
 178   @Override
 179   public void paintToFile(Graphics2D pg, int width, int height)
 180   {
 181     treeView.paintFile(pg, false, width, height, 0, 0);
 182
 183   }
 184
 185   @Override
 186   public boolean showingSubTree()
 187   {
 188     return treeView.isCurrentTreeIsSubtree();
 189   }
 190
 191   @Override
 192   public Rectangle getVisibleArea()
 193   {
 194     return treeView.getVisibleRect();
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public float getPartitionThreshold()
 199   {
 200     return treeView.getThreshold();
 201   }
 202
 203   @Override
 204   public void setMinimumSize(Dimension minimumSize)
 205   {
 206     treeView.setMinimumSize(minimumSize);
 207
 208   }
 209
 210   @Override
 211   public void setMaximumSize(Dimension maximumSize)
 212   {
 213     treeView.setMaximumSize(maximumSize);
 214
 215   }
 216
 217   @Override
 218   public void setPreferredSize(Dimension preferredSize)
 219   {
 220     treeView.setPreferredSize(preferredSize);
 221
 222   }
 223 }