src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxTreePanel.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeNodeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   6 import jalview.gui.PaintRefresher;
   7
   8 import java.awt.Event;
   9 import java.awt.Font;
  10 import java.awt.MenuComponent;
  11 import java.awt.event.MouseListener;
  12 import java.io.File;
  13 import java.util.Set;
  14
  15 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  16
  17 public class AptxTreePanel implements ExternalTreePanel
  18 {
  19   private final org.forester.archaeopteryx.TreePanel treeView;
  20
  21   private final Tree tree;
  22
  23   private String sequenceSetId;
  24
  25   protected AptxTreePanel(
  26           org.forester.archaeopteryx.TreePanel aptxTreePanel)
  27   {
  28     treeView = aptxTreePanel;
  29     tree = new Tree(treeView.getPhylogeny());
  30   }
  31
  32   @Override
  33   public void setTreeFile(File file)
  34   {
  35     treeView.setTreeFile(file);
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public ExternalTreeI getTree()
  40   {
  41     return tree;
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public File getTreeFile()
  46   {
  47     return treeView.getTreeFile();
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public ExternalTreeNodeI findNode(int x, int y)
  52   {
  53     return TreeNode.getUniqueWrapper(treeView.findNode(x, y));
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public void setMatchingNodes(Set<Long> hashSet)
  58   {
  59     treeView.setFoundNodes0(hashSet);
  60
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public Set<Long> getMatchingNodes()
  65   {
  66     return treeView.getFoundNodes0();
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public AccessibleContext getAccessibleContext()
  71   {
  72     return treeView.getAccessibleContext();
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public Font getFont()
  77   {
  78     return treeView.getFont();
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public void remove(MenuComponent comp)
  83   {
  84     treeView.remove(comp);
  85
  86   }
  87
  88   @Deprecated
  89   @Override
  90   public boolean postEvent(Event evt)
  91   {
  92     return treeView.postEvent(evt);
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public void addMouseListener(MouseListener listener)
  97   {
  98     treeView.addMouseListener(listener);
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public void removeMouseListener(MouseListener listener)
 103   {
 104     treeView.removeMouseListener(listener);
 105
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public MouseListener[] getMouseListeners()
 110   {
 111     return treeView.getMouseListeners();
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public void repaint()
 116   {
 117     treeView.repaint();
 118
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public void registerWithPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier)
 123   {
 124     sequenceSetId = sequenceSetIdentifier;
 125     PaintRefresher.Register(treeView, sequenceSetIdentifier);
 126
 127   }
 128
 129   @Override
 130   public void notifyPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier,
 131           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
 132   {
 133     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetIdentifier,
 134             alignmentChanged, validateSequences);
 135
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public void notifyPaintRefresher(boolean alignmentChanged,
 140           boolean validateSequences)
 141   {
 142     if (sequenceSetId != null)
 143     {
 144     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetId, alignmentChanged,
 145               validateSequences);
 146     }
 147     else
 148     {
 149       // throw some kind of exception
 150     }
 151
 152   }
 153 }