src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxTreePanel.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeNodeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreePanelI;
   6 import jalview.gui.PaintRefresher;
   7
   8 import java.awt.Event;
   9 import java.awt.Font;
  10 import java.awt.Graphics2D;
  11 import java.awt.MenuComponent;
  12 import java.awt.Rectangle;
  13 import java.awt.event.MouseListener;
  14 import java.io.File;
  15 import java.util.Set;
  16
  17 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  18
  19 public class AptxTreePanel implements TreePanelI
  20 {
  21   private final org.forester.archaeopteryx.TreePanel treeView;
  22
  23   private final TreeI tree;
  24
  25   private String sequenceSetId;
  26
  27   protected AptxTreePanel(
  28           org.forester.archaeopteryx.TreePanel aptxTreePanel)
  29   {
  30     treeView = aptxTreePanel;
  31     tree = new Tree(treeView.getPhylogeny());
  32   }
  33
  34   protected AptxTreePanel(
  35           org.forester.archaeopteryx.TreePanel aptxTreePanel,
  36           TreeI aptxTree)
  37   {
  38     treeView = aptxTreePanel;
  39     tree = aptxTree;
  40
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public void setTreeFile(File file)
  45   {
  46     treeView.setTreeFile(file);
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public TreeI getTree()
  51   {
  52     return tree;
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public File getTreeFile()
  57   {
  58     return treeView.getTreeFile();
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public TreeNodeI findNode(int x, int y)
  63   {
  64     return TreeNode.getUniqueWrapper(treeView.findNode(x, y));
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public void setMatchingNodes(Set<Long> hashSet)
  69   {
  70     treeView.setFoundNodes0(hashSet);
  71
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public Set<Long> getMatchingNodes()
  76   {
  77     return treeView.getFoundNodes0();
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public AccessibleContext getAccessibleContext()
  82   {
  83     return treeView.getAccessibleContext();
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public Font getFont()
  88   {
  89     return treeView.getFont();
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public void remove(MenuComponent comp)
  94   {
  95     treeView.remove(comp);
  96
  97   }
  98
  99   @Deprecated
 100   @Override
 101   public boolean postEvent(Event evt)
 102   {
 103     return treeView.postEvent(evt);
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void addMouseListener(MouseListener listener)
 108   {
 109     treeView.addMouseListener(listener);
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public void removeMouseListener(MouseListener listener)
 114   {
 115     treeView.removeMouseListener(listener);
 116
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public MouseListener[] getMouseListeners()
 121   {
 122     return treeView.getMouseListeners();
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public void repaint()
 127   {
 128     treeView.repaint();
 129
 130   }
 131
 132   @Override
 133   public void registerWithPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier)
 134   {
 135     sequenceSetId = sequenceSetIdentifier;
 136     PaintRefresher.Register(treeView, sequenceSetIdentifier);
 137
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void notifyPaintRefresher(String sequenceSetIdentifier,
 142           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
 143   {
 144     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetIdentifier,
 145             alignmentChanged, validateSequences);
 146
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public void notifyPaintRefresher(boolean alignmentChanged,
 151           boolean validateSequences)
 152   {
 153     if (sequenceSetId != null)
 154     {
 155     PaintRefresher.Refresh(treeView, sequenceSetId, alignmentChanged,
 156               validateSequences);
 157     }
 158     else
 159     {
 160       // throw some kind of exception
 161     }
 162
 163   }
 164
 165   @Override
 166   public int getWidth()
 167   {
 168     return treeView.getWidth();
 169   }
 170
 171   @Override
 172   public int getHeight()
 173   {
 174     return treeView.getHeight();
 175   }
 176
 177   @Override
 178   public void paintToFile(Graphics2D pg, int width, int height)
 179   {
 180     treeView.paintFile(pg, false, width, height, 0, 0);
 181
 182   }
 183
 184   @Override
 185   public boolean showingSubTree()
 186   {
 187     return treeView.isCurrentTreeIsSubtree();
 188   }
 189
 190   @Override
 191   public Rectangle getVisibleArea()
 192   {
 193     return treeView.getVisibleRect();
 194   }
 195
 196   @Override
 197   public float getPartitionThreshold()
 198   {
 199     return treeView.getThreshold();
 200   }
 201 }