src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5
   6 import java.awt.Dimension;
   7
   8 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
   9 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11
  12 public class ArchaeopteryxFrame
  13 {
  14
  15   public static ArchaeopteryxFrame createInstance(Phylogeny aptxTree)
  16   {
  17     return new ArchaeopteryxFrame(aptxTree);
  18
  19   }
  20
  21   public static ArchaeopteryxFrame createInstance(
  22           TreeBuilder calculatedTree)
  23   {
  24     return new ArchaeopteryxFrame(calculatedTree);
  25
  26   }
  27
  28   private ArchaeopteryxFrame(Phylogeny aptxTree)
  29   {
  30     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.createApplication(aptxTree);
  31     start(aptxApp);
  32
  33   }
  34
  35   private ArchaeopteryxFrame(TreeBuilder calculatedTree)
  36   {
  37     ArchaeopteryxTreeBuilder aptxTreeBuilder = new ArchaeopteryxTreeBuilder();
  38     Phylogeny aptxTree = aptxTreeBuilder.buildAptxTree(calculatedTree);
  39
  40     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  41                                           // several trees simultaneously
  42
  43     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.createApplication(aptxTrees,
  44             "_aptx_jalview_configuration_file", null);
  45     start(aptxApp);
  46   }
  47
  48
  49
  50   public void start(MainFrame aptxApp)
  51   {
  52     int width = 400;
  53     int height = 550;
  54     aptxApp.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
  55
  56     Desktop.addInternalFrame(aptxApp, "Archaeopteryx Tree View", true,
  57             width, height, true, true);
  58
  59   }
  60
  61
  62 }