src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.archaeopteryx;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeModel;
  24 import jalview.io.NewickFile;
  25
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.FileNotFoundException;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30
  31 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  32
  33 public class ArchaeopteryxInit
  34 {
  35   private String filePath = "/tmp/jalviewtree.nwk";
  36
  37   private TreeModel tree;
  38
  39   private NewickFile newickTree;
  40
  41   public ArchaeopteryxInit(TreeModel jalviewTreeModel)
  42   {
  43     this.tree = jalviewTreeModel;
  44     this.newickTree = treeToNewick(tree);
  45   }
  46
  47   public ArchaeopteryxInit(NewickFile newickTreeModel)
  48   {
  49     this.newickTree = newickTreeModel;
  50   }
  51
  52   public void startArchaeopteryx()
  53   {
  54     String newickOutput = newickTree.print(newickTree.hasBootstrap(),
  55             newickTree.hasDistances(), newickTree.hasRootDistance());
  56
  57     File newickFile = new File(filePath);
  58     PrintWriter writer;
  59
  60     try
  61     {
  62       writer = new PrintWriter(newickFile);
  63       writer.println(newickOutput);
  64
  65       writer.close();
  66
  67       String[] commandLineArgs = { "-open", newickFile.getCanonicalPath() };
  68       Archaeopteryx.main(commandLineArgs);
  69
  70     } catch (FileNotFoundException e)
  71     {
  72       // TODO Auto-generated catch block
  73       e.printStackTrace();
  74     } catch (IOException e)
  75     {
  76       // TODO Auto-generated catch block
  77       e.printStackTrace();
  78     }
  79
  80
  81   }
  82
  83
  84   public String getFilePath()
  85   {
  86     return filePath;
  87   }
  88
  89   public void setFilePath(String newFilePath)
  90   {
  91     this.filePath = newFilePath;
  92   }
  93
  94   public TreeModel getTree()
  95   {
  96     return tree;
  97   }
  98
  99   public void setTree(TreeModel newTree)
 100   {
 101     this.tree = newTree;
 102   }
 103
 104   public NewickFile getNewickTree()
 105   {
 106     return newickTree;
 107   }
 108
 109   public void setNewickTree(NewickFile newNewickTree)
 110   {
 111     this.newickTree = newNewickTree;
 112   }
 113
 114   public static NewickFile treeToNewick(TreeModel tree)
 115   {
 116     NewickFile newickTree = new NewickFile(tree.getTopNode(),
 117             tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 118             tree.hasRootDistance());
 119
 120     return newickTree;
 121   }
 122
 123 }