src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.gui.Desktop;
   6 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   7
   8 import java.awt.Dimension;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  12 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  13 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  14 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  15
  16 /**
  17  * Static class for creating Archaeopteryx tree viewer instances from calculated
  18  * trees and letting them be bound to Jalview.
  19  *
  20  * @author kjvanderheide
  21  *
  22  */
  23 public final class ArchaeopteryxInit
  24 {
  25   /**
  26    * Test method, should generally not be used as it does not bind the tree to
  27    * its alignment
  28    *
  29    * @param aptxTrees
  30    * @return
  31    */
  32   public static MainFrame createUnboundInstance(final Phylogeny aptxTree)
  33   {
  34     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree };
  35     return createBoundAptxFrame(aptxTrees, null);
  36   }
  37
  38   public static MainFrame createInstance(final Phylogeny[] aptxTrees,
  39           AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  40   {
  41     return createBoundAptxFrame(aptxTrees, jalviewAlignmentView);
  42
  43   }
  44
  45   public static MainFrame createInstance(final Phylogeny aptxTree,
  46           final AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  47   {
  48     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  49     // several trees simultaneously
  50     return createBoundAptxFrame(aptxTrees, jalviewAlignmentView);
  51
  52   }
  53
  54   public static MainFrame createInstance(
  55           final TreeBuilder calculatedTree) // very dense method, to be split up
  56   {
  57     ArchaeopteryxTreeConverter aptxTreeBuilder = new ArchaeopteryxTreeConverter(
  58             calculatedTree);
  59
  60     Phylogeny aptxTree = aptxTreeBuilder.buildAptxTree();
  61     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  62                                           // several trees simultaneously
  63
  64     MainFrame aptxApp = createBoundAptxFrame(aptxTrees,
  65             calculatedTree.getAvport());
  66     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, calculatedTree.getAvport(),
  67             aptxTreeBuilder.getAlignmentBoundNodes(),
  68             aptxTreeBuilder.getNodesBoundAlignment());
  69     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  70
  71   }
  72
  73
  74
  75
  76   private static MainFrame createBoundAptxFrame(final Phylogeny[] aptxTrees,
  77           final AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  78   {
  79     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.createApplication(aptxTrees,
  80             "_aptx_jalview_configuration_file", null);
  81
  82     return aptxApp;
  83   }
  84
  85   private static void bindNodesToJalviewSequences(final MainFrame aptxApp,
  86           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
  87           final Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignMappedToNodes,
  88           final Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesMappedToAlign)
  89   {
  90     new JalviewAptxBinding(aptxApp, jalviewAlignViewport,
  91             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
  92   }
  93
  94
  95   private static MainFrame bindFrameToJalview(final MainFrame aptxApp)
  96   {
  97     int width = 400;
  98     int height = 550;
  99     aptxApp.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 100
 101     Desktop.addInternalFrame(aptxApp, "Archaeopteryx Tree View", true,
 102             width, height, true, true);
 103
 104     return aptxApp;
 105
 106   }
 107
 108
 109 }