src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java

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  20  *******************************************************************************/
  21
  22 package jalview.ext.archaeopteryx;
  23
  24 import jalview.analysis.TreeModel;
  25 import jalview.io.NewickFile;
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.FileNotFoundException;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31
  32 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  33
  34 public class ArchaeopteryxInit
  35 {
  36   private String filePath = "/tmp/jalviewtree.nwk";
  37
  38   private TreeModel tree;
  39
  40   private NewickFile newickTree;
  41
  42   public ArchaeopteryxInit(TreeModel jalviewTreeModel)
  43   {
  44     this.tree = jalviewTreeModel;
  45     this.newickTree = treeToNewick(tree);
  46   }
  47
  48   public ArchaeopteryxInit(NewickFile newickTreeModel)
  49   {
  50     this.newickTree = newickTreeModel;
  51   }
  52
  53   public void startArchaeopteryx()
  54   {
  55     String newickOutput = newickTree.print(newickTree.hasBootstrap(),
  56             newickTree.hasDistances(), newickTree.hasRootDistance());
  57
  58     File newickFile = new File(filePath);
  59     PrintWriter writer;
  60
  61     try
  62     {
  63       writer = new PrintWriter(newickFile);
  64       writer.println(newickOutput);
  65
  66       // System.out.println(writer.checkError());
  67       writer.close();
  68
  69       String[] commandLineArgs = { "-open", newickFile.getCanonicalPath() };
  70       Archaeopteryx.main(commandLineArgs);
  71
  72     } catch (FileNotFoundException e)
  73     {
  74       // TODO Auto-generated catch block
  75       e.printStackTrace();
  76     } catch (IOException e)
  77     {
  78       // TODO Auto-generated catch block
  79       e.printStackTrace();
  80     }
  81
  82
  83   }
  84
  85
  86   public String getFilePath()
  87   {
  88     return filePath;
  89   }
  90
  91   public void setFilePath(String newFilePath)
  92   {
  93     this.filePath = newFilePath;
  94   }
  95
  96   public TreeModel getTree()
  97   {
  98     return tree;
  99   }
 100
 101   public void setTree(TreeModel newTree)
 102   {
 103     this.tree = newTree;
 104   }
 105
 106   public NewickFile getNewickTree()
 107   {
 108     return newickTree;
 109   }
 110
 111   public void setNewickTree(NewickFile newNewickTree)
 112   {
 113     this.newickTree = newNewickTree;
 114   }
 115
 116   public static NewickFile treeToNewick(TreeModel tree)
 117   {
 118     NewickFile newickTree = new NewickFile(tree.getTopNode(),
 119             tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 120             tree.hasRootDistance());
 121       /*     System.out.println(newickTree.print(tree.hasBootstrap(),
 122              tree.hasDistances(), tree.hasRootDistance()));
 123
 124            System.out.println(newickTree.print(newickTree.hasBootstrap(),
 125              newickTree.hasDistances(), newickTree.hasRootDistance()));*/
 126
 127     return newickTree;
 128   }
 129
 130 }