src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.gui.Desktop;
   6 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   7
   8 import java.awt.Dimension;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  12 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  13 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  14 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  15
  16 public final class ArchaeopteryxInit
  17 {
  18   /**
  19    * This method should generally not be used as it does not bind the tree to
  20    * its alignment
  21    *
  22    * @param aptxTrees
  23    * @return
  24    */
  25   public static MainFrame createUnboundInstance(final Phylogeny aptxTree)
  26   {
  27     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree };
  28     return createBoundAptxFrame(aptxTrees, null);
  29   }
  30
  31   public static MainFrame createInstance(final Phylogeny[] aptxTrees,
  32           AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  33   {
  34     return createBoundAptxFrame(aptxTrees, jalviewAlignmentView);
  35
  36   }
  37
  38   public static MainFrame createInstance(final Phylogeny aptxTree,
  39           final AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  40   {
  41     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  42     // several trees simultaneously
  43     return createBoundAptxFrame(aptxTrees, jalviewAlignmentView);
  44
  45   }
  46
  47   public static MainFrame createInstance(
  48           final TreeBuilder calculatedTree) // very dense method, to be split up
  49   {
  50     ArchaeopteryxTreeConverter aptxTreeBuilder = new ArchaeopteryxTreeConverter(
  51             calculatedTree);
  52
  53     Phylogeny aptxTree = aptxTreeBuilder.buildAptxTree();
  54     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  55                                           // several trees simultaneously
  56
  57     MainFrame aptxApp = createBoundAptxFrame(aptxTrees,
  58             calculatedTree.getAvport());
  59     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, calculatedTree.getAvport(),
  60             aptxTreeBuilder.getAlignmentBoundNodes(),
  61             aptxTreeBuilder.getNodesBoundAlignment());
  62     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  63
  64   }
  65
  66
  67
  68
  69   private static MainFrame createBoundAptxFrame(final Phylogeny[] aptxTrees,
  70           final AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  71   {
  72     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.createApplication(aptxTrees,
  73             "_aptx_jalview_configuration_file", null);
  74
  75     return aptxApp;
  76   }
  77
  78   private static void bindNodesToJalviewSequences(final MainFrame aptxApp,
  79           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
  80           final Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignMappedToNodes,
  81           final Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesMappedToAlign)
  82   {
  83     new JalviewAptxBinding(aptxApp, jalviewAlignViewport,
  84             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
  85   }
  86
  87
  88   private static MainFrame bindFrameToJalview(final MainFrame aptxApp)
  89   {
  90     int width = 400;
  91     int height = 550;
  92     aptxApp.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
  93
  94     Desktop.addInternalFrame(aptxApp, "Archaeopteryx Tree View", true,
  95             width, height, true, true);
  96
  97     return aptxApp;
  98
  99   }
 100
 101
 102 }