src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxInit.java

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  20  *******************************************************************************/
  21 package jalview.ext.archaeopteryx;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeModel;
  24 import jalview.io.NewickFile;
  25
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.FileNotFoundException;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30
  31 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  32
  33 public class ArchaeopteryxInit
  34 {
  35   private String filePath = "/tmp/jalviewtree.nwk";
  36
  37   private TreeModel tree;
  38
  39   private NewickFile newickTree;
  40
  41   public ArchaeopteryxInit(TreeModel jalviewTreeModel)
  42   {
  43     this.tree = jalviewTreeModel;
  44     this.newickTree = treeToNewick(tree);
  45   }
  46
  47   public ArchaeopteryxInit(NewickFile newickTreeModel)
  48   {
  49     this.newickTree = newickTreeModel;
  50   }
  51
  52   public void startArchaeopteryx()
  53   {
  54     String newickOutput = newickTree.print(newickTree.hasBootstrap(),
  55             newickTree.hasDistances(), newickTree.hasRootDistance());
  56
  57     File newickFile = new File(filePath);
  58     PrintWriter writer;
  59
  60     try
  61     {
  62       writer = new PrintWriter(newickFile);
  63       writer.println(newickOutput);
  64
  65       // System.out.println(writer.checkError());
  66       writer.close();
  67
  68       String[] commandLineArgs = { "-open", newickFile.getCanonicalPath() };
  69       Archaeopteryx.main(commandLineArgs);
  70
  71     } catch (FileNotFoundException e)
  72     {
  73       // TODO Auto-generated catch block
  74       e.printStackTrace();
  75     } catch (IOException e)
  76     {
  77       // TODO Auto-generated catch block
  78       e.printStackTrace();
  79     }
  80
  81
  82   }
  83
  84
  85   public String getFilePath()
  86   {
  87     return filePath;
  88   }
  89
  90   public void setFilePath(String newFilePath)
  91   {
  92     this.filePath = newFilePath;
  93   }
  94
  95   public TreeModel getTree()
  96   {
  97     return tree;
  98   }
  99
 100   public void setTree(TreeModel newTree)
 101   {
 102     this.tree = newTree;
 103   }
 104
 105   public NewickFile getNewickTree()
 106   {
 107     return newickTree;
 108   }
 109
 110   public void setNewickTree(NewickFile newNewickTree)
 111   {
 112     this.newickTree = newNewickTree;
 113   }
 114
 115   public static NewickFile treeToNewick(TreeModel tree)
 116   {
 117     NewickFile newickTree = new NewickFile(tree.getTopNode(),
 118             tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 119             tree.hasRootDistance());
 120       /*     System.out.println(newickTree.print(tree.hasBootstrap(),
 121              tree.hasDistances(), tree.hasRootDistance()));
 122
 123            System.out.println(newickTree.print(newickTree.hasBootstrap(),
 124              newickTree.hasDistances(), newickTree.hasRootDistance()));*/
 125
 126     return newickTree;
 127   }
 128
 129 }