src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxTreeBuilder.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.math.MatrixI;
   6
   7 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   8 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
   9
  10 public class ArchaeopteryxTreeBuilder // cannot inherit
  11                                                         // TreeBuilder as that
  12                                                         // demands the use of
  13                                                         // SequenceNode (instead
  14                                                         // of PhylogenyNode)
  15 {
  16   protected SequenceI[] sequences;
  17
  18   private Phylogeny aptxTree;
  19
  20   private PhylogenyNode rootNode;
  21
  22   protected MatrixI distances;
  23
  24   {
  25     this.aptxTree = new Phylogeny();
  26   }
  27
  28
  29   public ArchaeopteryxTreeBuilder()
  30   {
  31
  32     this.rootNode = new PhylogenyNode();
  33
  34   }
  35
  36   public ArchaeopteryxTreeBuilder(PhylogenyNode treeRoot)
  37   {
  38
  39     this.rootNode = treeRoot;
  40
  41   }
  42
  43   public Phylogeny buildAptxTree(TreeBuilder tree)
  44   {
  45     this.sequences = tree.getSequences();
  46     this.distances = tree.getDistances();
  47
  48     aptxTree.setName(
  49             "PLEASE FIX ME reheaheth35yheqhb3q5hyq3bt3q5u4jwqjwuh6");
  50
  51     // final NeighborJoiningF nj = NeighborJoiningF.createInstance(false, 5);
  52
  53     //
  54     // final Phylogeny phy = nj.execute(JalviewMatrixToForesterMatrix
  55     // .convertJalviewToForester(distances));
  56
  57     return buildAptxTree(sequences);
  58
  59   }
  60
  61   // testing method to be removed
  62   public Phylogeny buildAptxTree(SequenceI[] sequences)
  63   {
  64
  65     for (SequenceI sequence : sequences)
  66     {
  67       PhylogenyNode treeNode = new PhylogenyNode(sequence.getName());
  68       rootNode.addAsChild(treeNode);
  69
  70     }
  71
  72     aptxTree.setRoot(rootNode);
  73     return aptxTree;
  74
  75   }
  76
  77
  78   /**
  79    * Formats a localised title for the tree panel, like
  80    * <p>
  81    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
  82    * <p>
  83    * For a tree loaded from file, just uses the file name
  84    *
  85    * @return
  86    */
  87   // public String getPanelTitle()
  88   // {
  89   // if (treeTitle != null)
  90   // {
  91   // return treeTitle;
  92   // }
  93   // else
  94   // {
  95   // /*
  96   // * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
  97   // */
  98   // String treecalcnm = MessageManager
  99   // .getString("label.tree_calc_" + treeType.toLowerCase());
 100   //
 101   // /*
 102   // * short score model name (long description can be too long)
 103   // */
 104   // String smn = substitutionMatrix;
 105   //
 106   // /*
 107   // * put them together as <method> Using <model>
 108   // */
 109   // final String ttl = MessageManager
 110   // .formatMessage("label.treecalc_title", treecalcnm, smn);
 111   // return ttl;
 112   // }
 113   // }
 114 }