src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxTreeBuilder.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.math.MatrixI;
   6
   7 import org.forester.evoinference.distance.NeighborJoiningF;
   8 import org.forester.io.parsers.SymmetricalDistanceMatrixParser;
   9 import org.forester.msa.Msa;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  12
  13 public class ArchaeopteryxTreeBuilder // cannot inherit
  14                                                         // TreeBuilder as that
  15                                                         // demands the use of
  16                                                         // SequenceNode (instead
  17                                                         // of PhylogenyNode)
  18 {
  19   protected SequenceI[] sequences;
  20
  21   private Phylogeny aptxTree;
  22
  23   private PhylogenyNode rootNode;
  24
  25   protected MatrixI distances;
  26
  27   protected Msa msa;
  28
  29   protected SymmetricalDistanceMatrixParser distanceParser = SymmetricalDistanceMatrixParser
  30           .createInstance();
  31
  32
  33   public ArchaeopteryxTreeBuilder()
  34   {
  35
  36     this.rootNode = new PhylogenyNode();
  37     this.aptxTree = new Phylogeny();
  38
  39   }
  40
  41   public ArchaeopteryxTreeBuilder(PhylogenyNode treeRoot)
  42   {
  43
  44     this.rootNode = treeRoot;
  45     this.aptxTree = new Phylogeny();
  46
  47   }
  48
  49   public Phylogeny buildAptxTree(TreeBuilder tree)
  50   {
  51     this.sequences = tree.getSequences();
  52     aptxTree.setName(
  53             "PLEASE FIX ME reheaheth35yheqhb3q5hyq3bt3q5u4jwqjwuh6");
  54
  55     final NeighborJoiningF nj = NeighborJoiningF.createInstance(false, 5);
  56     distances = tree.getDistances();
  57
  58
  59
  60     // final Phylogeny phy = nj.execute(JalviewMatrixToForesterMatrix
  61     // .convertJalviewToForester(distances));
  62
  63     return buildAptxTree(sequences);
  64
  65   }
  66
  67   public Phylogeny buildAptxTree(SequenceI[] sequences)
  68   {
  69
  70     for (SequenceI sequence : sequences)
  71     {
  72       PhylogenyNode treeNode = new PhylogenyNode(sequence.getName());
  73       rootNode.addAsChild(treeNode);
  74
  75     }
  76
  77     aptxTree.setRoot(rootNode);
  78     return aptxTree;
  79
  80   }
  81
  82
  83   /**
  84    * Formats a localised title for the tree panel, like
  85    * <p>
  86    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
  87    * <p>
  88    * For a tree loaded from file, just uses the file name
  89    *
  90    * @return
  91    */
  92   // public String getPanelTitle()
  93   // {
  94   // if (treeTitle != null)
  95   // {
  96   // return treeTitle;
  97   // }
  98   // else
  99   // {
 100   // /*
 101   // * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 102   // */
 103   // String treecalcnm = MessageManager
 104   // .getString("label.tree_calc_" + treeType.toLowerCase());
 105   //
 106   // /*
 107   // * short score model name (long description can be too long)
 108   // */
 109   // String smn = substitutionMatrix;
 110   //
 111   // /*
 112   // * put them together as <method> Using <model>
 113   // */
 114   // final String ttl = MessageManager
 115   // .formatMessage("label.treecalc_title", treecalcnm, smn);
 116   // return ttl;
 117   // }
 118   // }
 119 }