src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxTreeBuilder.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.math.MatrixI;
   6
   7 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   8 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
   9
  10 public class ArchaeopteryxTreeBuilder // cannot inherit
  11                                                         // TreeBuilder as that
  12                                                         // demands the use of
  13                                                         // SequenceNode (instead
  14                                                         // of PhylogenyNode)
  15 {
  16   protected SequenceI[] sequences;
  17
  18   private Phylogeny aptxTree;
  19
  20   private PhylogenyNode rootNode;
  21
  22   protected MatrixI distances;
  23
  24   {
  25     this.aptxTree = new Phylogeny();
  26   }
  27
  28
  29   public ArchaeopteryxTreeBuilder()
  30   {
  31
  32     this.rootNode = new PhylogenyNode();
  33     this.rootNode.setName("root");
  34
  35   }
  36
  37   public ArchaeopteryxTreeBuilder(PhylogenyNode treeRoot)
  38   {
  39
  40     this.rootNode = treeRoot;
  41
  42   }
  43
  44   public Phylogeny buildAptxTree(TreeBuilder tree)
  45   {
  46     this.sequences = tree.getSequences();
  47     this.distances = tree.getDistances();
  48
  49     aptxTree.setName(
  50             "PLEASE FIX ME reheaheth35yheqhb3q5hyq3bt3q5u4jwqjwuh6");
  51
  52     // final NeighborJoiningF nj = NeighborJoiningF.createInstance(false, 5);
  53
  54     //
  55     // final Phylogeny phy = nj.execute(JalviewMatrixToForesterMatrix
  56     // .convertJalviewToForester(distances));
  57
  58     return buildAptxTree(sequences);
  59
  60   }
  61
  62   // testing method to be removed
  63   public Phylogeny buildAptxTree(SequenceI[] sequences)
  64   {
  65
  66     for (SequenceI sequence : sequences)
  67     {
  68       PhylogenyNode treeNode = new PhylogenyNode(sequence.getName());
  69       rootNode.addAsChild(treeNode);
  70
  71     }
  72
  73     aptxTree.setRoot(rootNode);
  74     return aptxTree;
  75
  76   }
  77
  78
  79   /**
  80    * Formats a localised title for the tree panel, like
  81    * <p>
  82    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
  83    * <p>
  84    * For a tree loaded from file, just uses the file name
  85    *
  86    * @return
  87    */
  88   // public String getPanelTitle()
  89   // {
  90   // if (treeTitle != null)
  91   // {
  92   // return treeTitle;
  93   // }
  94   // else
  95   // {
  96   // /*
  97   // * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
  98   // */
  99   // String treecalcnm = MessageManager
 100   // .getString("label.tree_calc_" + treeType.toLowerCase());
 101   //
 102   // /*
 103   // * short score model name (long description can be too long)
 104   // */
 105   // String smn = substitutionMatrix;
 106   //
 107   // /*
 108   // * put them together as <method> Using <model>
 109   // */
 110   // final String ttl = MessageManager
 111   // .formatMessage("label.treecalc_title", treecalcnm, smn);
 112   // return ttl;
 113   // }
 114   // }
 115 }