src/jalview/ext/archaeopteryx/ArchaeopteryxTreeConverter.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.forester.ForesterMatrix;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7
   8 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
   9 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  10 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  11
  12 public class ArchaeopteryxTreeConverter
  13 {
  14   protected final SequenceI[] sequences;
  15
  16   private Phylogeny aptxTree;
  17
  18   private PhylogenyNode rootNode;
  19
  20   protected final DistanceMatrix distances;
  21
  22   protected final TreeBuilder jalviewTree;
  23
  24   public String treeTitle;
  25
  26
  27
  28   public ArchaeopteryxTreeConverter(final TreeBuilder calculatedTree)
  29   {
  30     jalviewTree = calculatedTree;
  31     sequences = jalviewTree.getSequences();
  32     distances = ForesterMatrix.convertJalviewToForester(
  33             jalviewTree.getDistances(), sequences);
  34     aptxTree = new Phylogeny();
  35     rootNode = new PhylogenyNode();
  36
  37   }
  38
  39   public Phylogeny buildAptxTree(final PhylogenyNode treeRoot)
  40   {
  41
  42     rootNode = treeRoot;
  43
  44     buildAptxTree();
  45
  46     return aptxTree;
  47
  48   }
  49
  50   public Phylogeny buildAptxTree()
  51   {
  52     // NeighborJoiningF foresterClustering = NeighborJoiningF
  53     // .createInstance();
  54     // aptxTree = foresterClustering.execute(distances);
  55
  56
  57     treeTitle = generateTreeName();
  58     aptxTree.setName(treeTitle);
  59
  60     return aptxTree;
  61
  62   }
  63
  64   private Phylogeny clusterNodes()
  65   {
  66     return aptxTree;
  67
  68   }
  69
  70
  71   /**
  72    * Formats a localised title for the tree panel, like
  73    * <p>
  74    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
  75    * <p>
  76    * For a tree loaded from file, just uses the file name
  77    *
  78    * @return
  79    */
  80   public String generateTreeName()
  81   {
  82     if (treeTitle != null) // will currently never happen, loaded tree file will
  83                            // take a different path
  84     {
  85       return treeTitle;
  86     }
  87     else
  88     {
  89       /*
  90       * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
  91       */
  92       String treecalcnm = MessageManager
  93               .getString("label.tree_calc_" + jalviewTree.getClass()
  94                       .getSimpleName().substring(0, 2).toLowerCase());
  95       /*
  96       * short score model name (long description can be too long)
  97       */
  98       String smn = jalviewTree.getScoreModel().getName();
  99
 100       /*
 101       * put them together as <method> Using <model>
 102       */
 103       final String ttl = MessageManager
 104               .formatMessage("label.treecalc_title", treecalcnm, smn);
 105       return ttl;
 106     }
 107   }
 108 }