src/jalview/ext/archaeopteryx/ExternalTreeBuilderI.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4
   5 import java.util.Map;
   6
   7 /**
   8  *
   9  * @author kjvanderheide
  10  *
  11  * @param <T>
  12  *          Tree object that the tree viewer requires.
  13  * @param <N>
  14  *          Tree node object that the tree viewer requires.
  15  */
  16 interface ExternalTreeBuilderI<T, N>
  17 {
  18   public T buildTree(N treeRoot);
  19
  20   public T buildTree();
  21
  22   public Map<SequenceI, N> getAlignmentBoundNodes();
  23
  24   public Map<N, SequenceI> getNodesBoundAlignment();
  25
  26   public String generateTreeName();
  27
  28 }