src/jalview/ext/archaeopteryx/ForesterMatrix.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.math.MatrixI;
   4
   5 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
   6
   7 public class ForesterMatrix implements DistanceMatrix
   8 {
   9   private MatrixI jalviewMatrix;
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  11   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix)
  12   {
  13     this.jalviewMatrix = jalviewInputMatrix;
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  15   }
  16
  17   @Override
  18   public String getIdentifier(int i)
  19   {
  20     // TODO Auto-generated method stub
  21     return null;
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public int getIndex(String identifier)
  26   {
  27     return 0;
  28   }
  29
  30   @Override
  31   public int getSize()
  32   {
  33     return 0;
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public double getValue(int col, int row)
  38   {
  39     return jalviewMatrix.getValue(row, col);
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public void setIdentifier(int i, String identifier)
  44   {
  45     // TODO Auto-generated method stub
  46
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public void setValue(int col, int row, double distance)
  51   {
  52     jalviewMatrix.setValue(row, col, distance);
  53
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public StringBuffer toStringBuffer(Format format)
  58   {
  59     // TODO Auto-generated method stub
  60     return null;
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public double[][] getValues()
  65   {
  66     // TODO Auto-generated method stub
  67     return null;
  68   }
  69
  70 }