src/jalview/ext/archaeopteryx/JalviewAptxBinding.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   4 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
   5 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.PaintRefresher;
   8 import jalview.structure.SelectionSource;
   9 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  10 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  11
  12 import java.awt.event.ActionEvent;
  13 import java.awt.event.InputEvent;
  14 import java.awt.event.MouseEvent;
  15 import java.util.HashSet;
  16 import java.util.Map;
  17
  18 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  19 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  20
  21 /**
  22  * Class for binding the Archaeopteryx tree viewer to the Jalview alignment that
  23  * it originates from, meaning that selecting sequences in the tree viewer also
  24  * selects them in the alignment view and vice versa.
  25  *
  26  * @author kjvanderheide
  27  *
  28  */
  29 public final class JalviewAptxBinding implements JalviewTreeViewerBindingI
  30 {
  31   private org.forester.archaeopteryx.TreePanel treeView;
  32
  33   private AlignmentViewport parentAvport;
  34
  35   private final StructureSelectionManager ssm;
  36
  37   private Map<SequenceI, PhylogenyNode> sequencesBoundToNodes;
  38
  39   private Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesBoundToSequences;
  40
  41   /**
  42    *
  43    * @param archaeopteryx
  44    *
  45    * @param jalviewAlignmentViewport
  46    *          alignment viewport from which the tree was calculated.
  47    *
  48    * @param alignMappedToNodes
  49    *          map with sequences used to calculate the tree and matching tree
  50    *          nodes as key, value pair respectively.
  51    *
  52    * @param nodesMappedToAlign
  53    *          map with tree nodes and matching sequences used to calculate the
  54    *          tree as key, value pair respectively.
  55    */
  56   public JalviewAptxBinding(final MainFrame archaeopteryx,
  57           final AlignmentViewport jalviewAlignmentViewport,
  58           final Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignMappedToNodes,
  59           final Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesMappedToAlign)
  60   {
  61     // deal with/prohibit null values here as that will cause problems
  62     parentAvport = jalviewAlignmentViewport;
  63     sequencesBoundToNodes = alignMappedToNodes;
  64     nodesBoundToSequences = nodesMappedToAlign;
  65     treeView = archaeopteryx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  66     ssm = parentAvport.getStructureSelectionManager();
  67     ssm.addSelectionListener(this);
  68     treeView.addMouseListener(this);
  69     PaintRefresher.Register(treeView, parentAvport.getSequenceSetId());
  70
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public void actionPerformed(ActionEvent e)
  75   {
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public void mouseClicked(MouseEvent e)
  80   {
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public void mousePressed(final MouseEvent e)
  85   {
  86     showNodeSelectionOnAlign(e);
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void mouseReleased(MouseEvent e)
  91   {
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public void mouseEntered(MouseEvent e)
  96   {
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void mouseExited(MouseEvent e)
 101   {
 102   }
 103
 104
 105   @Override
 106   public void selection(final SequenceGroup seqsel,
 107           final ColumnSelection colsel, final HiddenColumns hidden,
 108           final SelectionSource source)
 109   {
 110     if (source == parentAvport) // check if source is alignment from where the
 111     // tree originates
 112     {
 113       treeView.setFoundNodes0(
 114               new HashSet<Long>(seqsel.getSequences().size()));
 115
 116       for (SequenceI selectedSequence : seqsel.getSequences())
 117       {
 118         PhylogenyNode matchingNode = sequencesBoundToNodes.get(selectedSequence);
 119         if (matchingNode != null)
 120         {
 121           treeView.getFoundNodes0().add(matchingNode.getId());
 122         }
 123
 124       }
 125       PaintRefresher.Refresh(treeView, parentAvport.getSequenceSetId());
 126
 127     }
 128
 129
 130   }
 131
 132   /**
 133    * If a node is selected in the tree panel this method highlights the
 134    * corresponding sequence in the Jalview alignment view.
 135    */
 136   @Override
 137   public void showNodeSelectionOnAlign(final MouseEvent e)
 138   {
 139     final PhylogenyNode node = treeView.findNode(e.getX(), e.getY());
 140     if (node != null)
 141     {
 142       SequenceI matchingSequence = nodesBoundToSequences.get(node);
 143       if (matchingSequence != null)
 144       {
 145
 146         if ((e.getModifiers() & InputEvent.SHIFT_MASK) != 0) // shift is pressed
 147         // (so multiple nodes
 148         // can be selected)
 149         {
 150           // something?
 151
 152         }
 153         else
 154         {
 155           parentAvport.setSelectionGroup(null); // reset selection if shift
 156                                                 // isn't pressed
 157         }
 158
 159         treeSelectionChanged(matchingSequence);
 160         parentAvport.sendSelection(); // not actually needed?
 161         PaintRefresher.Refresh(treeView, parentAvport.getSequenceSetId());
 162
 163
 164       }
 165     }
 166
 167
 168   }
 169
 170   /**
 171    * Refactored from TreeCanvas.
 172    *
 173    * @param sequence
 174    *          of the node selected in the tree viewer.
 175    */
 176   public void treeSelectionChanged(final SequenceI sequence)
 177   {
 178     SequenceGroup selected = parentAvport.getSelectionGroup();
 179
 180     if (selected == null)
 181     {
 182       selected = new SequenceGroup();
 183       parentAvport.setSelectionGroup(selected);
 184     }
 185
 186     selected.setEndRes(parentAvport.getAlignment().getWidth() - 1);
 187     selected.addOrRemove(sequence, true);
 188
 189   }
 190
 191   public AlignmentViewport getParentAvport()
 192   {
 193     return parentAvport;
 194   }
 195
 196   public void setParentAvport(final AlignmentViewport parentAvport)
 197   {
 198     this.parentAvport = parentAvport;
 199   }
 200
 201 }
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 203
 204