src/jalview/ext/archaeopteryx/JalviewBinding.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   4 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
   5 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeViewerBindingI;
   8 import jalview.gui.PaintRefresher;
   9 import jalview.structure.SelectionSource;
  10 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  11 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  12
  13 import java.awt.event.ActionEvent;
  14 import java.awt.event.InputEvent;
  15 import java.awt.event.MouseEvent;
  16 import java.util.HashSet;
  17 import java.util.List;
  18 import java.util.Map;
  19
  20 import javax.swing.JTabbedPane;
  21 import javax.swing.SwingUtilities;
  22 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  23 import javax.swing.event.ChangeListener;
  24
  25 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  26 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  27 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  28
  29 /**
  30  * Class for binding the Archaeopteryx tree viewer to the Jalview alignment that
  31  * it originates from, meaning that selecting sequences in the tree viewer also
  32  * selects them in the alignment view and vice versa.
  33  *
  34  * @author kjvanderheide
  35  *
  36  */
  37 public final class JalviewBinding
  38         implements ExternalTreeViewerBindingI<PhylogenyNode>
  39 {
  40   private org.forester.archaeopteryx.TreePanel treeView;
  41
  42   private AlignmentViewport parentAvport;
  43
  44   private JTabbedPane treeTabs;
  45
  46   private final StructureSelectionManager ssm;
  47
  48   private Map<SequenceI, PhylogenyNode> sequencesBoundToNodes;
  49
  50   private Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesBoundToSequences;
  51
  52   /**
  53    *
  54    * @param archaeopteryx
  55    *
  56    * @param jalviewAlignmentViewport
  57    *          alignment viewport from which the tree was calculated.
  58    *
  59    * @param alignMappedToNodes
  60    *          map with sequences used to calculate the tree and matching tree
  61    *          nodes as key, value pair respectively.
  62    *
  63    * @param nodesMappedToAlign
  64    *          map with tree nodes and matching sequences used to calculate the
  65    *          tree as key, value pair respectively.
  66    */
  67   public JalviewBinding(final MainFrame archaeopteryx,
  68           final AlignmentViewport jalviewAlignmentViewport,
  69           final Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignMappedToNodes,
  70           final Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesMappedToAlign)
  71   {
  72     // deal with/prohibit null values here as that will cause problems
  73     parentAvport = jalviewAlignmentViewport;
  74     sequencesBoundToNodes = alignMappedToNodes;
  75     nodesBoundToSequences = nodesMappedToAlign;
  76
  77     treeView = archaeopteryx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  78     treeTabs = archaeopteryx.getMainPanel().getTabbedPane();
  79     ssm = parentAvport.getStructureSelectionManager();
  80
  81    // archaeopteryx.getMainPanel().getControlPanel().setColorBranches(true);
  82
  83     ssm.addSelectionListener(this);
  84     treeView.addMouseListener(this);
  85     PaintRefresher.Register(treeView, parentAvport.getSequenceSetId());
  86
  87
  88     treeTabs.addChangeListener(new ChangeListener()
  89     {
  90
  91       @Override
  92       public void stateChanged(ChangeEvent e)
  93       {
  94
  95         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  96         {
  97
  98           @Override
  99           /**
 100            * Resend the selection to the tree view when tabs get switched, this
 101            * has to be buried in invokeLater as Forester first resets the tree
 102            * view on switching tabs, without invokeLater this would get called
 103            * before Forester resets which would nullify the selection.
 104            */
 105           public void run()
 106           {
 107             parentAvport.sendSelection();
 108             // PaintRefresher.Refresh(treeView,
 109             // parentAvport.getSequenceSetId());
 110
 111           }
 112         });
 113
 114       }
 115
 116     });
 117
 118   }
 119
 120   @Override
 121   public void actionPerformed(ActionEvent e)
 122   {
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 127   {
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public void mousePressed(final MouseEvent e)
 132   {
 133     final PhylogenyNode node = treeView.findNode(e.getX(), e.getY());
 134     if (node != null)
 135     {
 136       if ((e.getModifiers() & InputEvent.SHIFT_MASK) == 0) // clear previous
 137       // selection if shift
 138       // IS NOT pressed
 139       {
 140         parentAvport.setSelectionGroup(null);
 141
 142       }
 143       showNodeSelectionOnAlign(node);
 144     }
 145     else
 146     {
 147       partitionTree();
 148     }
 149   }
 150   @Override
 151   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 152   {
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 157   {
 158   }
 159
 160   @Override
 161   public void mouseExited(MouseEvent e)
 162   {
 163   }
 164
 165
 166   @Override
 167   public void selection(final SequenceGroup seqsel,
 168           final ColumnSelection colsel, final HiddenColumns hidden,
 169           final SelectionSource source)
 170   {
 171     if (source == parentAvport) // check if source is alignment from where the
 172     // tree originates
 173     {
 174       treeView.setFoundNodes0(
 175               new HashSet<Long>(seqsel.getSequences().size()));
 176
 177       for (SequenceI selectedSequence : seqsel.getSequences())
 178       {
 179         PhylogenyNode matchingNode = sequencesBoundToNodes.get(selectedSequence);
 180         if (matchingNode != null)
 181         {
 182           treeView.getFoundNodes0().add(matchingNode.getId());
 183         }
 184
 185       }
 186       PaintRefresher.Refresh(treeView, parentAvport.getSequenceSetId());
 187
 188     }
 189
 190
 191   }
 192
 193   public void partitionTree()
 194   {
 195
 196   }
 197
 198
 199   @Override
 200   public void showNodeSelectionOnAlign(final PhylogenyNode node)
 201   {
 202       if (node.isInternal())
 203       {
 204         showMatchingChildSequences(node);
 205       }
 206
 207       else
 208       {
 209         showMatchingSequence(node);
 210       }
 211
 212     }
 213
 214
 215
 216
 217
 218   @Override
 219   public void showMatchingSequence(final PhylogenyNode nodeToMatch)
 220   {
 221     SequenceI matchingSequence = nodesBoundToSequences.get(nodeToMatch);
 222     if (matchingSequence != null)
 223     {
 224       treeSelectionChanged(matchingSequence);
 225       parentAvport.sendSelection();
 226       PaintRefresher.Refresh(treeView, parentAvport.getSequenceSetId()); // redundant?
 227     }
 228   }
 229
 230   @Override
 231   public void showMatchingChildSequences(final PhylogenyNode parentNode)
 232   {
 233     List<PhylogenyNode> childNodes = PhylogenyMethods
 234             .getAllDescendants(parentNode);
 235
 236     for (PhylogenyNode childNode : childNodes)
 237     {
 238       // childNode.getBranchData().setBranchColor(new BranchColor(Color.BLUE));
 239
 240       SequenceI matchingSequence = nodesBoundToSequences.get(childNode);
 241       if (matchingSequence != null)
 242       {
 243         treeSelectionChanged(matchingSequence);
 244
 245       }
 246     }
 247     parentAvport.sendSelection();
 248     PaintRefresher.Refresh(treeView, parentAvport.getSequenceSetId()); // redundant?
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Refactored from TreeCanvas.
 253    *
 254    * @param sequence
 255    *          of the node selected in the tree viewer.
 256    */
 257   @Override
 258   public void treeSelectionChanged(final SequenceI sequence)
 259   {
 260     SequenceGroup selected = parentAvport.getSelectionGroup();
 261
 262     if (selected == null)
 263     {
 264       selected = new SequenceGroup();
 265       parentAvport.setSelectionGroup(selected);
 266     }
 267
 268     selected.setEndRes(parentAvport.getAlignment().getWidth() - 1);
 269     selected.addOrRemove(sequence, true);
 270
 271   }
 272
 273   public AlignmentViewport getParentAvport()
 274   {
 275     return parentAvport;
 276   }
 277
 278   public void setParentAvport(final AlignmentViewport parentAvport)
 279   {
 280     this.parentAvport = parentAvport;
 281   }
 282 }
 283
 284
 285