src/jalview/ext/archaeopteryx/MatrixConversionFactory.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.math.MatrixI;
   4
   5 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
   6
   7 public class MatrixConversionFactory
   8 {
   9   DistanceMatrix foresterMatrix;
  10
  11   MatrixI jalviewMatrix;
  12
  13   public static MatrixConversionFactory createConverter(
  14           DistanceMatrix foresterInputMatrix)
  15   {
  16     MatrixConversionFactory converter = new MatrixConversionFactory();
  17     converter.convertForesterToJalview(foresterInputMatrix);
  18     return converter;
  19
  20   }
  21
  22   public static MatrixConversionFactory createConverter(MatrixI jalviewInputMatrix)
  23   {
  24     MatrixConversionFactory converter = new MatrixConversionFactory();
  25     converter.convertJalviewToForester(jalviewInputMatrix);
  26     return converter;
  27
  28   }
  29
  30   private DistanceMatrix convertJalviewToForester(
  31           MatrixI jalviewMatrix)
  32   {
  33     this.jalviewMatrix = jalviewMatrix;
  34     return foresterMatrix;
  35
  36   }
  37
  38   private MatrixI convertForesterToJalview(
  39           DistanceMatrix foresterMatrix)
  40   {
  41     this.foresterMatrix = foresterMatrix;
  42
  43     return jalviewMatrix;
  44   }
  45
  46   protected DistanceMatrix getForesterMatrix()
  47   {
  48     return foresterMatrix;
  49   }
  50
  51   protected void setForesterMatrix(DistanceMatrix foresterMatrix)
  52   {
  53     this.foresterMatrix = foresterMatrix;
  54   }
  55
  56   protected MatrixI getJalviewMatrix()
  57   {
  58     return jalviewMatrix;
  59   }
  60
  61   protected void setJalviewMatrix(MatrixI jalviewMatrix)
  62   {
  63     this.jalviewMatrix = jalviewMatrix;
  64   }
  65
  66 }