src/jalview/ext/archaeopteryx/MatrixConverter.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.math.MatrixI;
   4
   5 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
   6
   7 public class MatrixConverter
   8 {
   9   DistanceMatrix foresterMatrix;
  10
  11   MatrixI jalviewMatrix;
  12
  13   public static MatrixConverter createConverter(
  14           DistanceMatrix foresterInputMatrix)
  15   {
  16     MatrixConverter converter = new MatrixConverter();
  17     converter.setForesterMatrix(foresterInputMatrix);
  18     return converter;
  19
  20   }
  21
  22   public static MatrixConverter createConverter(MatrixI jalviewInputMatrix)
  23   {
  24     MatrixConverter converter = new MatrixConverter();
  25     converter.setJalviewMatrix(jalviewInputMatrix);
  26     return converter;
  27
  28   }
  29
  30   protected DistanceMatrix getForesterMatrix()
  31   {
  32     return foresterMatrix;
  33   }
  34
  35   protected void setForesterMatrix(DistanceMatrix foresterMatrix)
  36   {
  37     this.foresterMatrix = foresterMatrix;
  38   }
  39
  40   protected MatrixI getJalviewMatrix()
  41   {
  42     return jalviewMatrix;
  43   }
  44
  45   protected void setJalviewMatrix(MatrixI jalviewMatrix)
  46   {
  47     this.jalviewMatrix = jalviewMatrix;
  48   }
  49
  50 }