src/jalview/ext/archaeopteryx/Tree.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeNodeI;
   6
   7 import java.util.Iterator;
   8
   9 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13
  14 public class Tree implements ExternalTreeI
  15 {
  16   private final Phylogeny tree;
  17
  18   public Tree(Phylogeny aptxTree)
  19   {
  20     tree = aptxTree;
  21   }
  22
  23
  24   @Override
  25   public ExternalTreeNodeI getRoot()
  26   {
  27     ExternalTreeNodeI root = new TreeNode(tree.getRoot());
  28     return root;
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public void setTreeName(String name)
  33   {
  34     tree.setName(name);
  35
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public ExternalTreeNodeI getNodeWithName(String name)
  40   {
  41     return new TreeNode(tree.getNode(name));
  42
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public String[] getAllLeafNames()
  47   {
  48     return tree.getAllExternalNodeNames();
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public void setRerootable(boolean b)
  53   {
  54     tree.setRerootable(b);
  55
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public void setRooted(boolean b)
  60   {
  61     tree.setRooted(b);
  62
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public boolean isEmpty()
  67   {
  68     return tree.isEmpty();
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public String getTreeName()
  73   {
  74     return tree.getName();
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public void setRoot(ExternalTreeNodeI rootNode)
  79   {
  80     PhylogenyNode treeRoot = new PhylogenyNode(rootNode.getNodeName());
  81     // expand this
  82     tree.setRoot(treeRoot);
  83
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public double getHeight(boolean adjustForCollapsedSubtrees)
  88   {
  89     return tree.calculateHeight(adjustForCollapsedSubtrees);
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public Iterator<ExternalTreeNodeI> iterateInPreOrder()
  94   {
  95     Iterator<ExternalTreeNodeI> iter = new TreeIterator(
  96             tree.iteratorPreorder());
  97     return iter;
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public Iterator<ExternalTreeNodeI> iterateInLevelOrder()
 102   {
 103     Iterator<ExternalTreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 104             tree.iteratorLevelOrder());
 105     return iter;
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public Iterator<ExternalTreeNodeI> iterateInPostOrder()
 110   {
 111     Iterator<ExternalTreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 112             tree.iteratorPostorder());
 113     return iter;
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public ExternalTreeNodeI getFurthestNode()
 118   {
 119     PhylogenyNode furthestNode = PhylogenyMethods
 120             .calculateNodeWithMaxDistanceToRoot(tree);
 121     return new TreeNode(furthestNode);
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public ExternalTreeFrame createInstanceFromTree(String instanceTitle)
 126   {
 127     return new AptxFrame(Archaeopteryx.createApplication(tree,
 128             AptxInit.APTX_CONFIG,
 129             instanceTitle));
 130   }
 131 }