src/jalview/ext/archaeopteryx/Tree.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeFrameI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeNodeI;
   7
   8 import java.util.ArrayList;
   9 import java.util.Iterator;
  10 import java.util.List;
  11
  12 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  13 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  14 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  15 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  16
  17 public class Tree implements TreeI
  18 {
  19   private final Phylogeny tree;
  20
  21   // alternative to static maps in TreeNode
  22   // private Map<PhylogenyNode, TreeNodeI> originalNodes = new HashMap<>(500);
  23   // private Map<TreeNodeI, PhylogenyNode> wrappedNodes = new HashMap<>(500);
  24
  25   public Tree()
  26   {
  27     tree = new Phylogeny();
  28   }
  29
  30   public Tree(Phylogeny aptxTree)
  31   {
  32     tree = aptxTree;
  33     wrapAllTreeNodes();
  34
  35   }
  36
  37   private void wrapAllTreeNodes()
  38   {
  39     for (Iterator<PhylogenyNode> iterator = tree
  40             .iteratorPostorder(); iterator.hasNext();)
  41     {
  42       PhylogenyNode foresterNode = iterator.next();
  43       TreeNodeI treeNode = TreeNode
  44               .getUniqueWrapper(foresterNode);
  45
  46     }
  47   }
  48
  49   @Override
  50   public TreeNodeI getRoot()
  51   {
  52     TreeNodeI root = TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getRoot());
  53     return root;
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public void setTreeName(String name)
  58   {
  59     tree.setName(name);
  60
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public TreeNodeI getNodeWithName(String name)
  65   {
  66     return TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getNode(name));
  67
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public String[] getAllLeafNames()
  72   {
  73     return tree.getAllExternalNodeNames();
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public void setRerootable(boolean b)
  78   {
  79     tree.setRerootable(b);
  80
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public void setRooted(boolean b)
  85   {
  86     tree.setRooted(b);
  87
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public boolean isEmpty()
  92   {
  93     return tree.isEmpty();
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public String getTreeName()
  98   {
  99     return tree.getName();
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void setRoot(TreeNodeI rootNode)
 104   {
 105     PhylogenyNode treeRoot = TreeNode.unwrapNode(rootNode);
 106     tree.setRoot(treeRoot);
 107     wrapAllTreeNodes();
 108
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public double getHeight(boolean adjustForCollapsedSubtrees)
 113   {
 114     return tree.calculateHeight(adjustForCollapsedSubtrees);
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public Iterator<TreeNodeI> iterateInPreOrder()
 119   {
 120     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 121             tree.iteratorPreorder());
 122     return iter;
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public Iterator<TreeNodeI> iterateInLevelOrder()
 127   {
 128     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 129             tree.iteratorLevelOrder());
 130     return iter;
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public Iterator<TreeNodeI> iterateInPostOrder()
 135   {
 136     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 137             tree.iteratorPostorder());
 138     return iter;
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public TreeNodeI getFurthestNode()
 143   {
 144     PhylogenyNode furthestNode = PhylogenyMethods
 145             .calculateNodeWithMaxDistanceToRoot(tree);
 146     return TreeNode.getUniqueWrapper(furthestNode);
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public TreeFrameI createTreeViewerFromTree(String instanceTitle)
 151   {
 152     return new AptxFrame(Archaeopteryx.createApplication(tree,
 153             AptxInit.APTX_CONFIG,
 154             instanceTitle));
 155   }
 156
 157   @Override
 158   public List<SequenceI> getNodeSequences()
 159   {
 160     List<SequenceI> treeSeqs = new ArrayList<>();
 161     Iterator<TreeNodeI> iter = iterateInPreOrder();
 162     int i = 0;
 163     while (iter.hasNext())
 164     {
 165
 166       SequenceI nodeSeq = iter.next().getSequence();
 167       if (nodeSeq != null)
 168       {
 169         treeSeqs.add(nodeSeq);
 170       }
 171     }
 172     return treeSeqs;
 173   }
 174
 175   @Override
 176   public TreeNodeI[] getAllNodes()
 177   {
 178     TreeNodeI[] treeNodes = new TreeNodeI[tree.getNodeCount()];
 179     Iterator<TreeNodeI> iter = iterateInPreOrder();
 180     int i = 0;
 181     while (iter.hasNext())
 182     {
 183       treeNodes[i++] = iter.next();
 184     }
 185     return treeNodes;
 186   }
 187
 188 }