src/jalview/ext/archaeopteryx/Tree.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeNodeI;
   6
   7 import java.util.Iterator;
   8
   9 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  10 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  13
  14 public class Tree implements ExternalTreeI
  15 {
  16   private final Phylogeny tree;
  17
  18   public Tree()
  19   {
  20     tree = new Phylogeny();
  21   }
  22   public Tree(Phylogeny aptxTree)
  23   {
  24     tree = aptxTree;
  25     wrapAllTreeNodes();
  26
  27   }
  28
  29   private void wrapAllTreeNodes()
  30   {
  31     for (Iterator<PhylogenyNode> iterator = tree
  32             .iteratorPostorder(); iterator.hasNext();)
  33     {
  34       PhylogenyNode foresterNode = iterator.next();
  35       ExternalTreeNodeI treeNode = TreeNode
  36               .getUniqueWrapper(foresterNode);
  37
  38     }
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public ExternalTreeNodeI getRoot()
  43   {
  44     ExternalTreeNodeI root = TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getRoot());
  45     return root;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public void setTreeName(String name)
  50   {
  51     tree.setName(name);
  52
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public ExternalTreeNodeI getNodeWithName(String name)
  57   {
  58     return TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getNode(name));
  59
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public String[] getAllLeafNames()
  64   {
  65     return tree.getAllExternalNodeNames();
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public void setRerootable(boolean b)
  70   {
  71     tree.setRerootable(b);
  72
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public void setRooted(boolean b)
  77   {
  78     tree.setRooted(b);
  79
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public boolean isEmpty()
  84   {
  85     return tree.isEmpty();
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public String getTreeName()
  90   {
  91     return tree.getName();
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public void setRoot(ExternalTreeNodeI rootNode)
  96   {
  97     PhylogenyNode treeRoot = TreeNode.unwrapNode(rootNode);
  98     tree.setRoot(treeRoot);
  99     wrapAllTreeNodes();
 100
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public double getHeight(boolean adjustForCollapsedSubtrees)
 105   {
 106     return tree.calculateHeight(adjustForCollapsedSubtrees);
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public Iterator<ExternalTreeNodeI> iterateInPreOrder()
 111   {
 112     Iterator<ExternalTreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 113             tree.iteratorPreorder());
 114     return iter;
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public Iterator<ExternalTreeNodeI> iterateInLevelOrder()
 119   {
 120     Iterator<ExternalTreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 121             tree.iteratorLevelOrder());
 122     return iter;
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public Iterator<ExternalTreeNodeI> iterateInPostOrder()
 127   {
 128     Iterator<ExternalTreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 129             tree.iteratorPostorder());
 130     return iter;
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public ExternalTreeNodeI getFurthestNode()
 135   {
 136     PhylogenyNode furthestNode = PhylogenyMethods
 137             .calculateNodeWithMaxDistanceToRoot(tree);
 138     return TreeNode.getUniqueWrapper(furthestNode);
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public ExternalTreeFrame createInstanceFromTree(String instanceTitle)
 143   {
 144     return new AptxFrame(Archaeopteryx.createApplication(tree,
 145             AptxInit.APTX_CONFIG,
 146             instanceTitle));
 147   }
 148
 149
 150 }