src/jalview/ext/archaeopteryx/Tree.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeFrameI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeNodeI;
   7
   8 import java.util.Iterator;
   9
  10 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  11 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  12 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  13 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  14
  15 public class Tree implements TreeI
  16 {
  17   private final Phylogeny tree;
  18
  19   // alternative to static maps in TreeNode
  20   // private Map<PhylogenyNode, TreeNodeI> originalNodes = new HashMap<>(500);
  21   // private Map<TreeNodeI, PhylogenyNode> wrappedNodes = new HashMap<>(500);
  22
  23   public Tree()
  24   {
  25     tree = new Phylogeny();
  26   }
  27
  28   public Tree(Phylogeny aptxTree)
  29   {
  30     tree = aptxTree;
  31     wrapAllTreeNodes();
  32
  33   }
  34
  35   private void wrapAllTreeNodes()
  36   {
  37     for (Iterator<PhylogenyNode> iterator = tree
  38             .iteratorPostorder(); iterator.hasNext();)
  39     {
  40       PhylogenyNode foresterNode = iterator.next();
  41       TreeNodeI treeNode = TreeNode
  42               .getUniqueWrapper(foresterNode);
  43
  44     }
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public TreeNodeI getRoot()
  49   {
  50     TreeNodeI root = TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getRoot());
  51     return root;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public void setTreeName(String name)
  56   {
  57     tree.setName(name);
  58
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public TreeNodeI getNodeWithName(String name)
  63   {
  64     return TreeNode.getUniqueWrapper(tree.getNode(name));
  65
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public String[] getAllLeafNames()
  70   {
  71     return tree.getAllExternalNodeNames();
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public void setRerootable(boolean b)
  76   {
  77     tree.setRerootable(b);
  78
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public void setRooted(boolean b)
  83   {
  84     tree.setRooted(b);
  85
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public boolean isEmpty()
  90   {
  91     return tree.isEmpty();
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public String getTreeName()
  96   {
  97     return tree.getName();
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public void setRoot(TreeNodeI rootNode)
 102   {
 103     PhylogenyNode treeRoot = TreeNode.unwrapNode(rootNode);
 104     tree.setRoot(treeRoot);
 105     wrapAllTreeNodes();
 106
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public double getHeight(boolean adjustForCollapsedSubtrees)
 111   {
 112     return tree.calculateHeight(adjustForCollapsedSubtrees);
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public Iterator<TreeNodeI> iterateInPreOrder()
 117   {
 118     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 119             tree.iteratorPreorder());
 120     return iter;
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public Iterator<TreeNodeI> iterateInLevelOrder()
 125   {
 126     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 127             tree.iteratorLevelOrder());
 128     return iter;
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public Iterator<TreeNodeI> iterateInPostOrder()
 133   {
 134     Iterator<TreeNodeI> iter = new TreeIterator(
 135             tree.iteratorPostorder());
 136     return iter;
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public TreeNodeI getFurthestNode()
 141   {
 142     PhylogenyNode furthestNode = PhylogenyMethods
 143             .calculateNodeWithMaxDistanceToRoot(tree);
 144     return TreeNode.getUniqueWrapper(furthestNode);
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public TreeFrameI createTreeViewerFromTree(String instanceTitle)
 149   {
 150     return new AptxFrame(Archaeopteryx.createApplication(tree,
 151             AptxInit.APTX_CONFIG,
 152             instanceTitle));
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public SequenceI[] getNodeSequences()
 157   {
 158     SequenceI[] treeSeqs = new SequenceI[tree.getNodeCount()];
 159     Iterator<TreeNodeI> iter = iterateInPreOrder();
 160     int i = 0;
 161     while (iter.hasNext())
 162     {
 163       SequenceI nodeSeq = iter.next().getSequence();
 164       treeSeqs[i++] = nodeSeq;
 165     }
 166     return treeSeqs;
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public TreeNodeI[] getAllNodes()
 171   {
 172     TreeNodeI[] treeNodes = new TreeNodeI[tree.getNodeCount()];
 173     Iterator<TreeNodeI> iter = iterateInPreOrder();
 174     int i = 0;
 175     while (iter.hasNext())
 176     {
 177       treeNodes[i++] = iter.next();
 178     }
 179     return treeNodes;
 180   }
 181
 182 }