src/jalview/ext/archaeopteryx/TreeNode.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.forester.DataConversions;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeNodeI;
   6
   7 import java.awt.Color;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  11 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  12 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
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  14 public class TreeNode implements ExternalTreeNodeI
  15 {
  16   private final PhylogenyNode node;
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  18   private SequenceI nodeSeq;
  19
  20   public TreeNode(PhylogenyNode aptxNode)
  21   {
  22     node = aptxNode;
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  24   }
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  27   @Override
  28   public String getNodeName()
  29   {
  30     return node.getName();
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public List<ExternalTreeNodeI> getAllDescendants()
  35   {
  36     List<PhylogenyNode> descNodes = PhylogenyMethods
  37             .getAllDescendants(node);
  38     return DataConversions.getConvertedTreeNodes(descNodes);
  39
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public List<ExternalTreeNodeI> getExternalDescendants()
  44   {
  45     List<PhylogenyNode> extDescNodes = node.getAllExternalDescendants();
  46     return DataConversions.getConvertedTreeNodes(extDescNodes);
  47   }
  48
  49
  50   @Override
  51   public List<ExternalTreeNodeI> getDirectChildren()
  52   {
  53     List<PhylogenyNode> childNodes = node.getDescendants();
  54     return DataConversions.getConvertedTreeNodes(childNodes);
  55   }
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  58
  59   @Override
  60   public void setSequence(SequenceI seq)
  61   {
  62     nodeSeq = seq;
  63     org.forester.phylogeny.data.Sequence foresterFormatSeq = DataConversions
  64             .createForesterSequence(seq, true);
  65     node.getNodeData().setSequence(foresterFormatSeq);
  66
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public SequenceI getSequence()
  71   {
  72     return nodeSeq;
  73     // ideally this would return a converted node.getNodeData().getSequence()
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public void addAsChild(ExternalTreeNodeI childNode)
  78   {
  79     PhylogenyNode aptxNode = new PhylogenyNode(childNode.getNodeName());
  80
  81     // expand on this
  82     node.addAsChild(aptxNode);
  83
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public long getId()
  88   {
  89     return node.getId();
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public float getXcoord()
  94   {
  95     return node.getXcoord();
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public void setBranchColor(Color branchColor)
 100   {
 101     node.getBranchData().setBranchColor(new BranchColor(branchColor));
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 103   }
 104
 105   @Override
 106   public boolean isInternal()
 107   {
 108     return node.isInternal();
 109   }
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 111 }