src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
   5 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
   6
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.List;
   9
  10 import com.stevesoft.pat.Regex;
  11
  12 /**
  13  * A client to fetch CDNA sequence from Ensembl (i.e. that part of the genomic
  14  * sequence that is transcribed to RNA, but not necessarily translated to
  15  * protein)
  16  *
  17  * @author gmcarstairs
  18  *
  19  */
  20 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
  21 {
  22   private static final List<String> CROSS_REFERENCES = Arrays
  23           .asList(new String[] { "Uniprot/SWISSPROT", "Uniprot/SPTREMBL" });
  24
  25   /*
  26    * accepts ENST or ENSTG with 11 digits
  27    * or ENSMUST or similar for other species
  28    * or CCDSnnnnn.nn with at least 3 digits
  29    */
  30   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex(
  31           "(ENS([A-Z]{3}|)[TG][0-9]{11}$)" + "|" + "(CCDS[0-9.]{3,}$)");
  32
  33   /*
  34    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdna regions)
  35    * and cds and variation features (to retain)
  36    */
  37   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  38       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  39       EnsemblFeatureType.variation };
  40
  41   /**
  42    * Default constructor (to use rest.ensembl.org)
  43    */
  44   public EnsemblCdna()
  45   {
  46     super();
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Constructor given the target domain to fetch data from
  51    *
  52    * @param d
  53    */
  54   public EnsemblCdna(String d)
  55   {
  56     super(d);
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public String getDbName()
  61   {
  62     return "ENSEMBL (CDNA)";
  63   }
  64
  65   @Override
  66   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  67   {
  68     return EnsemblSeqType.CDNA;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public Regex getAccessionValidator()
  73   {
  74     return ACCESSION_REGEX;
  75   }
  76
  77   @Override
  78   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  79   {
  80     return FEATURES_TO_FETCH;
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type in the
  85    * Sequence Ontology).
  86    */
  87   @Override
  88   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  89   {
  90     if (isTranscript(sf.getType()))
  91     {
  92       return false;
  93     }
  94     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  95   }
  96
  97   /**
  98    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  99    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
 100    * we are retrieving
 101    */
 102   @Override
 103   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
 104   {
 105     if (SequenceOntologyFactory.getInstance().isA(sf.getType(),
 106             SequenceOntologyI.EXON))
 107     {
 108       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
 109       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
 110       {
 111         return true;
 112       }
 113     }
 114     return false;
 115   }
 116
 117   @Override
 118   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
 119   {
 120     return CROSS_REFERENCES;
 121     // 30/01/16 also found Vega_transcript, OTTT, ENS_LRG_transcript, UCSC,
 122     // HGNC_trans_name, RefSeq_mRNA, RefSeq_mRNA_predicted
 123   }
 124
 125 }