src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
   5
   6 import java.util.List;
   7
   8 import com.stevesoft.pat.Regex;
   9
  10 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
  11 {
  12   /*
  13    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdnaregions)
  14    * and cds and variation features (to retain)
  15    */
  16   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  17       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  18       EnsemblFeatureType.variation };
  19
  20   public EnsemblCdna()
  21   {
  22     super();
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public String getDbName()
  27   {
  28     return "ENSEMBL (CDNA)";
  29   }
  30
  31   @Override
  32   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  33   {
  34     return EnsemblSeqType.CDNA;
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public Regex getAccessionValidator()
  39   {
  40     return new Regex("((ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,})");
  41   }
  42
  43   @Override
  44   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  45   {
  46     return FEATURES_TO_FETCH;
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type in the
  51    * Sequence Ontology).
  52    */
  53   @Override
  54   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  55   {
  56     if (isTranscript(sf.getType()))
  57     {
  58       return false;
  59     }
  60     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  65    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  66    * we are retrieving
  67    */
  68   @Override
  69   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  70   {
  71     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  72             SequenceOntology.EXON))
  73     {
  74       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  75       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  76       {
  77         return true;
  78       }
  79     }
  80     return false;
  81   }
  82
  83   @Override
  84   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
  85   {
  86     return super.getCrossReferenceDatabases();
  87     // 30/01/16 also found Vega_transcript, OTTT, ENS_LRG_transcript, UCSC,
  88     // HGNC_trans_name, RefSeq_mRNA, RefSeq_mRNA_predicted
  89   }
  90
  91 }