src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
   5 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
   6
   7 import java.util.List;
   8
   9 import com.stevesoft.pat.Regex;
  10
  11 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
  12 {
  13   /*
  14    * accepts ENST or ENSTG with 11 digits
  15    * or ENSMUST or similar for other species
  16    * or CCDSnnnnn.nn with at least 3 digits
  17    */
  18   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex(
  19           "(ENS([A-Z]{3}|)[TG][0-9]{11}$)" + "|" + "(CCDS[0-9.]{3,}$)");
  20
  21   /*
  22    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdna regions)
  23    * and cds and variation features (to retain)
  24    */
  25   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  26       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  27       EnsemblFeatureType.variation };
  28
  29   public EnsemblCdna()
  30   {
  31     super();
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public String getDbName()
  36   {
  37     return "ENSEMBL (CDNA)";
  38   }
  39
  40   @Override
  41   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  42   {
  43     return EnsemblSeqType.CDNA;
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public Regex getAccessionValidator()
  48   {
  49     return ACCESSION_REGEX;
  50   }
  51
  52   @Override
  53   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  54   {
  55     return FEATURES_TO_FETCH;
  56   }
  57
  58   /**
  59    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type in the
  60    * Sequence Ontology).
  61    */
  62   @Override
  63   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  64   {
  65     if (isTranscript(sf.getType()))
  66     {
  67       return false;
  68     }
  69     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  74    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  75    * we are retrieving
  76    */
  77   @Override
  78   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  79   {
  80     if (SequenceOntologyFactory.getInstance().isA(sf.getType(),
  81             SequenceOntologyI.EXON))
  82     {
  83       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  84       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  85       {
  86         return true;
  87       }
  88     }
  89     return false;
  90   }
  91
  92   @Override
  93   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
  94   {
  95     return super.getCrossReferenceDatabases();
  96     // 30/01/16 also found Vega_transcript, OTTT, ENS_LRG_transcript, UCSC,
  97     // HGNC_trans_name, RefSeq_mRNA, RefSeq_mRNA_predicted
  98   }
  99
 100 }