src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
   5
   6 import com.stevesoft.pat.Regex;
   7
   8 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
   9 {
  10   /*
  11    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdnaregions)
  12    * and cds and variation features (to retain)
  13    */
  14   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  15       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  16       EnsemblFeatureType.variation };
  17
  18   public EnsemblCdna()
  19   {
  20     super();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public String getDbName()
  25   {
  26     return "ENSEMBL (CDNA)";
  27   }
  28
  29   @Override
  30   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  31   {
  32     return EnsemblSeqType.CDNA;
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public Regex getAccessionValidator()
  37   {
  38     return new Regex("((ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,})");
  39   }
  40
  41   @Override
  42   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  43   {
  44     return FEATURES_TO_FETCH;
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Answers true unless the feature type is 'exon' (or a sub-type of exon in
  49    * the Sequence Ontology). Exon features are only retrieved in order to
  50    * identify the exon sequence loci, and are redundant information on the exon
  51    * sequence itself.
  52    */
  53   @Override
  54   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  55   {
  56     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  57             SequenceOntology.EXON))
  58     {
  59       return false;
  60     }
  61     return super.retainFeature(sf, accessionId);
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  66    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  67    * we are retrieving
  68    */
  69   @Override
  70   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  71   {
  72     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  73             SequenceOntology.EXON))
  74     {
  75       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  76       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  77       {
  78         return true;
  79       }
  80     }
  81     return false;
  82   }
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  84 }