src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCds.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  26 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30
  31 /**
  32  * A client for direct fetching of CDS sequences from Ensembl (i.e. that part of
  33  * the genomic sequence that is translated to protein)
  34  *
  35  * TODO: not currently used as CDS sequences are computed from CDS features on
  36  * transcripts - delete this class?
  37  *
  38  * @author gmcarstairs
  39  *
  40  */
  41 public class EnsemblCds extends EnsemblSeqProxy
  42 {
  43   /*
  44    * fetch cds features on genomic sequence (to identify the CDS regions)
  45    * and exon and variation features (to retain for display)
  46    */
  47   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  48       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.exon,
  49       EnsemblFeatureType.variation };
  50
  51   /**
  52    * Default constructor (to use rest.ensembl.org)
  53    */
  54   public EnsemblCds()
  55   {
  56     super();
  57   }
  58
  59   /**
  60    * Constructor given the target domain to fetch data from
  61    *
  62    * @param d
  63    */
  64   public EnsemblCds(String d)
  65   {
  66     super(d);
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public String getDbName()
  71   {
  72     return "ENSEMBL (CDS)";
  73   }
  74
  75   @Override
  76   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  77   {
  78     return EnsemblSeqType.CDS;
  79   }
  80
  81   @Override
  82   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  83   {
  84     return FEATURES_TO_FETCH;
  85   }
  86
  87   /**
  88    * Answers true unless the feature type is 'CDS' (or a sub-type of CDS in the
  89    * Sequence Ontology). CDS features are only retrieved in order to identify
  90    * the cds sequence range, and are redundant information on the cds sequence
  91    * itself.
  92    */
  93   @Override
  94   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  95   {
  96     if (SequenceOntologyFactory.getInstance().isA(sf.getType(),
  97             SequenceOntologyI.CDS))
  98     {
  99       return false;
 100     }
 101     return featureMayBelong(sf, accessionId);
 102   }
 103
 104   /**
 105    * Answers a list of sequence features (if any) whose type is 'CDS' (or a
 106    * subtype of CDS in the Sequence Ontology), and whose Parent is the
 107    * transcript we are retrieving
 108    */
 109   @Override
 110   protected List<SequenceFeature> getIdentifyingFeatures(SequenceI seq,
 111           String accId)
 112   {
 113     List<SequenceFeature> result = new ArrayList<>();
 114     List<SequenceFeature> sfs = seq.getFeatures()
 115             .getFeaturesByOntology(SequenceOntologyI.CDS);
 116     for (SequenceFeature sf : sfs)
 117     {
 118       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
 119       if (accId.equals(parentFeature))
 120       {
 121         result.add(sf);
 122       }
 123     }
 124     return result;
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Overrides this method to trivially return a range which is the whole of the
 129    * nucleotide sequence. This is both faster than scanning for CDS features,
 130    * and also means we don't need to keep CDS features on CDS sequence (where
 131    * they are redundant information).
 132    */
 133   protected List<int[]> getCdsRanges(SequenceI dnaSeq)
 134   {
 135     int len = dnaSeq.getLength();
 136     List<int[]> ranges = new ArrayList<>();
 137     ranges.add(new int[] { 1, len });
 138     return ranges;
 139   }
 140
 141 }