src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenome.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4
   5 /**
   6  * A client to fetch genomic sequence from Ensembl
   7  *
   8  * TODO: not currently used - delete?
   9  *
  10  * @author gmcarstairs
  11  *
  12  */
  13 public class EnsemblGenome extends EnsemblSeqProxy
  14 {
  15   /*
  16    * fetch transcript features on genomic sequence (to identify the transcript
  17    * regions) and cds, exon and variation features (to retain)
  18    */
  19   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  20       EnsemblFeatureType.transcript, EnsemblFeatureType.exon,
  21       EnsemblFeatureType.cds, EnsemblFeatureType.variation };
  22
  23   /**
  24    * Default constructor (to use rest.ensembl.org)
  25    */
  26   public EnsemblGenome()
  27   {
  28     super();
  29   }
  30
  31   /**
  32    * Constructor given the target domain to fetch data from
  33    *
  34    * @param d
  35    */
  36   public EnsemblGenome(String d)
  37   {
  38     super(d);
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public String getDbName()
  43   {
  44     return "ENSEMBL (Genomic)";
  45   }
  46
  47   @Override
  48   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  49   {
  50     return EnsemblSeqType.GENOMIC;
  51   }
  52
  53   @Override
  54   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  55   {
  56     return FEATURES_TO_FETCH;
  57   }
  58
  59   /**
  60    * Answers true unless the feature type is 'transcript' (or a sub-type of
  61    * transcript in the Sequence Ontology), or has a parent other than the given
  62    * accession id. Transcript features are only retrieved in order to identify
  63    * the transcript sequence range, and are redundant information on the
  64    * transcript sequence itself.
  65    */
  66   @Override
  67   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  68   {
  69     if (isTranscript(sf.getType()))
  70     {
  71       return false;
  72     }
  73     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Answers true if the sequence feature type is 'transcript' (or a subtype of
  78    * transcript in the Sequence Ontology), and the ID of the feature is the
  79    * transcript we are retrieving
  80    */
  81   @Override
  82   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  83   {
  84     if (isTranscript(sf.getType()))
  85     {
  86       String id = (String) sf.getValue(ID);
  87       if (("transcript:" + accId).equals(id))
  88       {
  89         return true;
  90       }
  91     }
  92     return false;
  93   }
  94
  95 }