src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenomes.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25
  26 /**
  27  * A class to behave much like EnsemblGene but referencing the ensemblgenomes
  28  * domain and data
  29  *
  30  * @author gmcarstairs
  31  *
  32  */
  33 public class EnsemblGenomes extends EnsemblGene
  34 {
  35   /**
  36    * Constructor sets domain to rest.ensemblgenomes.org instead of the 'usual'
  37    * rest.ensembl.org
  38    */
  39   public EnsemblGenomes()
  40   {
  41     super();
  42     setDomain(Cache.getDefault(ENSEMBL_GENOMES_BASEURL,
  43             DEFAULT_ENSEMBL_GENOMES_BASEURL));
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public String getDbName()
  48   {
  49     return DBRefSource.ENSEMBLGENOMES;
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public String getTestQuery()
  54   {
  55     /*
  56      * Salmonella gene, Uniprot Q8Z9G6, EMBLCDS CAD01290
  57      */
  58     return "CAD01290";
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public String getDbSource()
  63   {
  64     return DBRefSource.ENSEMBLGENOMES;
  65   }
  66
  67 }