Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into bug/JAL-4298_java_console_c...
[jalview.git] / src / jalview / ext / ensembl / EnsemblGenomes.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ext.ensembl;
22
23 import jalview.bin.Cache;
24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
25
26 /**
27  * A class to behave much like EnsemblGene but referencing the ensemblgenomes
28  * domain and data
29  * 
30  * @author gmcarstairs
31  *
32  */
33 public class EnsemblGenomes extends EnsemblGene
34 {
35   /**
36    * Constructor sets domain to rest.ensemblgenomes.org instead of the 'usual'
37    * rest.ensembl.org
38    */
39   public EnsemblGenomes()
40   {
41     super();
42     setDomain(Cache.getDefault(ENSEMBL_GENOMES_BASEURL,
43             DEFAULT_ENSEMBL_GENOMES_BASEURL));
44   }
45
46   @Override
47   public String getDbName()
48   {
49     return DBRefSource.ENSEMBLGENOMES;
50   }
51
52   @Override
53   public String getTestQuery()
54   {
55     /*
56      * Salmonella gene, Uniprot Q8Z9G6, EMBLCDS CAD01290
57      */
58     return "CAD01290";
59   }
60
61   @Override
62   public String getDbSource()
63   {
64     return DBRefSource.ENSEMBLGENOMES;
65   }
66
67 }