src/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenomes.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 /**
  24  * A class to behave much like EnsemblGene but referencing the ensemblgenomes
  25  * domain and data
  26  *
  27  * @author gmcarstairs
  28  *
  29  */
  30 public class EnsemblGenomes extends EnsemblGene
  31 {
  32   /**
  33    * Constructor sets domain to rest.ensemblgenomes.org instead of the 'usual'
  34    * rest.ensembl.org
  35    */
  36   public EnsemblGenomes()
  37   {
  38     super(ENSEMBL_GENOMES_REST);
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public boolean isGeneIdentifier(String query)
  43   {
  44     return true;
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public String getDbName()
  49   {
  50     return "EnsemblGenomes";
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public String getTestQuery()
  55   {
  56     return "DDB_G0283883";
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public String getDbSource()
  61   {
  62     return "EnsemblGenomes";
  63   }
  64
  65 }