src/jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4
   5 import java.io.BufferedReader;
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.net.MalformedURLException;
   8 import java.net.URL;
   9 import java.util.Arrays;
  10 import java.util.List;
  11
  12 import org.json.simple.JSONObject;
  13 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  14 import org.json.simple.parser.ParseException;
  15
  16 public class EnsemblLookup extends EnsemblRestClient
  17 {
  18
  19   @Override
  20   public String getDbName()
  21   {
  22     return "ENSEMBL";
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  27   {
  28     return null;
  29   }
  30
  31   @Override
  32   protected URL getUrl(List<String> ids) throws MalformedURLException
  33   {
  34     String identifier = ids.get(0);
  35     return getUrl(identifier);
  36   }
  37
  38   /**
  39    * @param identifier
  40    * @return
  41    */
  42   protected URL getUrl(String identifier)
  43   {
  44     String url = ENSEMBL_REST + "/lookup/id/" + identifier
  45             + "?content-type=application/json";
  46     try
  47     {
  48       return new URL(url);
  49     } catch (MalformedURLException e)
  50     {
  51       return null;
  52     }
  53   }
  54
  55   @Override
  56   protected boolean useGetRequest()
  57   {
  58     return true;
  59   }
  60
  61   @Override
  62   protected String getRequestMimeType(boolean multipleIds)
  63   {
  64     return "application/json";
  65   }
  66
  67   @Override
  68   protected String getResponseMimeType()
  69   {
  70     return "application/json";
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Calls the Ensembl lookup REST endpoint and retrieves the 'Parent' for the
  75    * given identifier, or null if not found
  76    *
  77    * @param identifier
  78    * @return
  79    */
  80   public String getParent(String identifier)
  81   {
  82     List<String> ids = Arrays.asList(new String[] { identifier });
  83
  84     BufferedReader br = null;
  85     try
  86     {
  87       URL url = getUrl(identifier);
  88       if (url != null)
  89       {
  90         br = getHttpResponse(url, ids);
  91       }
  92       return (parseResponse(br));
  93     } catch (IOException e)
  94     {
  95       // ignore
  96       return null;
  97     } finally
  98     {
  99       if (br != null)
 100       {
 101         try
 102         {
 103           br.close();
 104         } catch (IOException e)
 105         {
 106           // ignore
 107         }
 108       }
 109     }
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Parses "Parent" from the JSON response and returns the value, or null if
 114    * not found
 115    *
 116    * @param br
 117    * @return
 118    * @throws IOException
 119    */
 120   protected String parseResponse(BufferedReader br) throws IOException
 121   {
 122     String parent = null;
 123     JSONParser jp = new JSONParser();
 124     try
 125     {
 126       JSONObject val = (JSONObject) jp.parse(br);
 127       parent = val.get("Parent").toString();
 128     } catch (ParseException e)
 129     {
 130       // ignore
 131     }
 132     return parent;
 133   }
 134
 135 }