src/jalview/ext/ensembl/EnsemblProtein.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   5
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.List;
   8
   9 public class EnsemblProtein extends EnsemblSeqProxy
  10 {
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  12   private static final List<String> CROSSREFS = Arrays.asList(new String[] {
  13       "PDB", "Uniprot/SPTREMBL", "Uniprot/SWISSPROT" });
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  15   public EnsemblProtein()
  16   {
  17     super();
  18   }
  19
  20   @Override
  21   public String getDbName()
  22   {
  23     return "ENSEMBL (Protein)";
  24   }
  25
  26   @Override
  27   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  28   {
  29     return EnsemblSeqType.PROTEIN;
  30   }
  31
  32   /**
  33    * Returns false, as this fetcher does not retrieve DNA sequences.
  34    */
  35   @Override
  36   public boolean isDnaCoding()
  37   {
  38     return false;
  39   }
  40
  41   /**
  42    * Test query is to the protein translation of transcript ENST00000288602
  43    */
  44   @Override
  45   public String getTestQuery()
  46   {
  47     return "ENSP00000288602";
  48   }
  49
  50   /**
  51    * Overrides base class method to do nothing - genomic features are not
  52    * applicable to the protein product sequence
  53    */
  54   @Override
  55   protected void addFeaturesAndProduct(String accId, AlignmentI alignment)
  56   {
  57   }
  58
  59   @Override
  60   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  61   {
  62     // not applicable - can't fetch genomic features for a protein sequence
  63     return null;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  68   {
  69     // not applicable - protein sequence is not a 'subset' of genomic sequence
  70     return false;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
  75   {
  76     return CROSSREFS;
  77   }
  78
  79 }