src/jalview/ext/ensembl/EnsemblProtein.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   5
   6 public class EnsemblProtein extends EnsemblSeqProxy
   7 {
   8
   9   public EnsemblProtein()
  10   {
  11     super();
  12   }
  13
  14   @Override
  15   public String getDbName()
  16   {
  17     return "ENSEMBL (Protein)";
  18   }
  19
  20   @Override
  21   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  22   {
  23     return EnsemblSeqType.PROTEIN;
  24   }
  25
  26   /**
  27    * Returns false, as this fetcher does not retrieve DNA sequences.
  28    */
  29   @Override
  30   public boolean isDnaCoding()
  31   {
  32     return false;
  33   }
  34
  35   /**
  36    * Test query is to the protein translation of transcript ENST00000288602
  37    */
  38   @Override
  39   public String getTestQuery()
  40   {
  41     return "ENSP00000288602";
  42   }
  43
  44   /**
  45    * Overrides base class method to do nothing - genomic features are not
  46    * applicable to the protein product sequence
  47    */
  48   @Override
  49   protected void addFeaturesAndProduct(String accId, AlignmentI alignment)
  50   {
  51   }
  52
  53   @Override
  54   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  55   {
  56     // not applicable - can't fetch genomic features for a protein sequence
  57     return null;
  58   }
  59
  60   @Override
  61   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  62   {
  63     // not applicable - protein sequence is not a 'subset' of genomic sequence
  64     return false;
  65   }
  66
  67 }