src/jalview/ext/ensembl/EnsemblProtein.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   5
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import com.stevesoft.pat.Regex;
  10
  11 public class EnsemblProtein extends EnsemblSeqProxy
  12 {
  13   // TODO modify to accept other species e.g. ENSMUSPnnn
  14   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex(
  15           "(ENSP|CCDS)[0-9.]{3,}$");
  16
  17   private static final List<String> CROSSREFS = Arrays.asList(new String[] {
  18       "PDB", "Uniprot/SPTREMBL", "Uniprot/SWISSPROT" });
  19
  20   public EnsemblProtein()
  21   {
  22     super();
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public String getDbName()
  27   {
  28     return "ENSEMBL (Protein)";
  29   }
  30
  31   @Override
  32   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  33   {
  34     return EnsemblSeqType.PROTEIN;
  35   }
  36
  37   /**
  38    * Returns false, as this fetcher does not retrieve DNA sequences.
  39    */
  40   @Override
  41   public boolean isDnaCoding()
  42   {
  43     return false;
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Test query is to the protein translation of transcript ENST00000288602
  48    */
  49   @Override
  50   public String getTestQuery()
  51   {
  52     return "ENSP00000288602";
  53   }
  54
  55   /**
  56    * Overrides base class method to do nothing - genomic features are not
  57    * applicable to the protein product sequence
  58    */
  59   @Override
  60   protected void addFeaturesAndProduct(String accId, AlignmentI alignment)
  61   {
  62   }
  63
  64   @Override
  65   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  66   {
  67     // not applicable - can't fetch genomic features for a protein sequence
  68     return null;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  73   {
  74     // not applicable - protein sequence is not a 'subset' of genomic sequence
  75     return false;
  76   }
  77
  78   @Override
  79   protected List<String> getCrossReferenceDatabases()
  80   {
  81     return CROSSREFS;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public Regex getAccessionValidator()
  86   {
  87     return ACCESSION_REGEX;
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Returns an accession id for a query, including conversion of ENST* to
  92    * ENSP*. This supports querying for the protein sequence for a transcript
  93    * (ENST identifier) and returning the ENSP identifier.
  94    */
  95   @Override
  96   public String getAccessionIdFromQuery(String query)
  97   {
  98     String accId = super.getAccessionIdFromQuery(query);
  99
 100     /*
 101      * ensure last character before (11) digits is P
 102      * ENST00000288602 -> ENSP00000288602
 103      * ENSMUST00000288602 -> ENSMUSP00000288602
 104      */
 105     if (accId != null && accId.length() >= 12)
 106     {
 107       char[] chars = accId.toCharArray();
 108       chars[chars.length - 12] = 'P';
 109       accId = new String(chars);
 110     }
 111     return accId;
 112   }
 113
 114 }